+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f91 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1.2A resolution structure of a crayfish trypsin complexed with a peptide inhibitor, SGTI | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / TRYPSIN / CANONICAL INHIBITOR / ATOMIC RESOLUTION / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fodor, K. / Harmat, V. / Hetenyi, C. / Kardos, J. / Antal, J. / Perczel, A. / Patthy, A. / Katona, G. / Graf, L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme:Substrate Hydrogen Bond Shortening during the Acylation Phase of Serine Protease Catalysis. 著者: Fodor, K. / Harmat, V. / Neutze, R. / Szilagyi, L. / Graf, L. / Katona, G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Extended Intermolecular Interactions in a Serine Protease-Canonical Inhibitor Complex Account for Strong and Highly Specific Inhibition. 著者: Fodor, K. / Harmat, V. / Hetenyi, C. / Kardos, J. / Antal, J. / Perczel, A. / Patthy, A. / Katona, G. / Graf, L. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 135 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1h4wS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25072.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3828.314 Da / 分子数: 1 / Fragment: PROTEASE INHIBITOR SGPI-1, RESIDUES 20-54 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED, THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN SCHISTOCERCA GREGARIA (DESERT LOCUST) 参照: UniProt: O46162 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 400, 0.1 M CD CHLORIDE, 0.1 M NA ACETATE, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→32.1 Å / Num. obs: 69145 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 51.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1H4W TRUNCATED TO POLYALANINE 解像度: 1.2→32.1 Å / Num. parameters: 21232 / Num. restraintsaints: 37511 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→32.1 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|