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- PDB-2f8v: Structure of full length telethonin in complex with the N-terminu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8v
タイトルStructure of full length telethonin in complex with the N-terminus of titin
要素
  • N2B-Titin Isoform
  • Telethonin
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/CONTRACTILE PROTEIN / Sarcomere / Titin / Z1Z2 / Telethonin / CONTRACTILE PROTEIN-CONTRACTILE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


FATZ binding / titin Z domain binding / BMP binding / otic vesicle formation / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / detection of muscle stretch ...FATZ binding / titin Z domain binding / BMP binding / otic vesicle formation / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / detection of muscle stretch / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle tissue morphogenesis / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / somitogenesis / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / titin binding / response to muscle stretch / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / protein-containing complex assembly / protease binding / protein tyrosine kinase activity / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
titin filament fold / titin domain like / Telethonin / Titin-like domain superfamily / Telethonin protein / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain ...titin filament fold / titin domain like / Telethonin / Titin-like domain superfamily / Telethonin protein / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Single Sheet / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Telethonin / Titin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Petoukhov, M. / Lange, S. / Svergun, D. / Zou, P. / Gautel, M. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Evidence for a dimeric assembly of two titin/telethonin complexes induced by the telethonin C-terminus.
著者: Pinotsis, N. / Petoukhov, M. / Lange, S. / Svergun, D. / Zou, P. / Gautel, M. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N2B-Titin Isoform
B: N2B-Titin Isoform
T: Telethonin
C: N2B-Titin Isoform
D: N2B-Titin Isoform
Y: Telethonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,79911
ポリマ－124,3196
非ポリマー4805
水1,42379
1
A: N2B-Titin Isoform
B: N2B-Titin Isoform
T: Telethonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4476
ポリマ－62,1593
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
2
C: N2B-Titin Isoform
D: N2B-Titin Isoform
Y: Telethonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3515
ポリマ－62,1593
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.513, 46.885, 128.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13B
23D
14B
24D
15T
25Y
16T
26Y
17T
27Y

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLUGLUAA4 - 1004 - 100
211GLNGLNGLUGLUCD4 - 1004 - 100
112THRTHRGLNGLNAA101 - 194101 - 194
212THRTHRGLNGLNCD101 - 194101 - 194
113THRTHRGLUGLUBB3 - 1003 - 100
213THRTHRGLUGLUDE3 - 1003 - 100
114THRTHRGLNGLNBB101 - 194101 - 194
214THRTHRGLNGLNDE101 - 194101 - 194
115SERSERPHEPHETC8 - 218 - 21
215SERSERPHEPHEYF8 - 218 - 21
116ARGARGGLNGLNTC33 - 5433 - 54
216ARGARGGLNGLNYF33 - 5433 - 54
117METMETSERSERTC1 - 71 - 7
217METMETSERSERYF1 - 71 - 7
127TRPTRPTHRTHRTC22 - 3222 - 32
227TRPTRPTHRTHRYF22 - 3222 - 32
137GLYGLYLEULEUTC55 - 8355 - 83
237GLYGLYLEULEUYF55 - 8355 - 83

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
詳細The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
N2B-Titin Isoform


分子量: 21582.982 Da / 分子数: 4 / 断片: Domains Z1Z2, residues 1-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WZ42
#2: タンパク質 Telethonin / Titin cap protein


分子量: 18993.307 Da / 分子数: 2 / Mutation: C8S, C15S, C38S, C57S, C127S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15273
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.45
詳細: PEG35000, LITHIUM SULPHATE, ACETATE BUFFER, pH 4.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8117 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月23日
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→23.9 Å / Num. all: 33692 / Num. obs: 33692 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YA5

1ya5


解像度: 2.75→23.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 30.486 / SU ML: 0.292 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.174 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28733 1063 3.2 %RANDOM
Rwork0.26671 ---
all0.2655 32562 --
obs0.26734 32562 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.18 Å20 Å2-5.44 Å2
2---7.85 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→23.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7280 0 25 79 7384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.95710154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8255949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14224.36328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.342151213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.4581552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.22983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.25048
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4190.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60454826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99667694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61462904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1037.52460
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A388medium positional0.180.5
2A376medium positional0.070.5
3B392medium positional0.060.5
4B372medium positional0.110.5
5C56medium positional0.040.5
6C88medium positional0.050.5
7C184medium positional0.110.5
1A327loose positional0.525
2A346loose positional0.135
3B330loose positional0.175
4B339loose positional0.195
5C60loose positional0.095
6C101loose positional0.075
7C174loose positional0.145
1A388medium thermal0.952
2A376medium thermal0.972
3B392medium thermal1.012
4B372medium thermal1.112
5C56medium thermal0.822
6C88medium thermal0.912
7C184medium thermal0.972
1A327loose thermal1.9710
2A346loose thermal1.6710
3B330loose thermal2.0510
4B339loose thermal2.1210
5C60loose thermal1.5310
6C101loose thermal1.6610
7C174loose thermal1.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 65 -
Rwork0.358 1966 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1782-0.63084.28530.7602-1.32475.64140.0481-0.2782-0.0996-0.03530.12070.00250.276-0.3857-0.1687-0.2630.03630.0364-0.34050.0014-0.241723.37233.745946.8232
22.3713-0.29593.77731.07480.25797.4257-0.107-0.17650.02890.14480.0233-0.01020.0228-0.32270.0837-0.4288-0.06150.0796-0.32210.0424-0.257714.187759.290732.4648
35.0431-0.84587.22040.23-1.139210.39630.0882-0.3848-0.0390.10230.0816-0.02460.2667-0.627-0.1698-0.1854-0.0576-0.0274-0.24070.0363-0.120418.082648.563538.4097
40.77860.8161-0.78264.9633-4.98188.19330.06450.08120.14340.3879-0.0934-0.3209-1.183-0.06480.0289-0.03630.14030.26330.180.045-0.04553.717118.6503109.6767
51.4956-0.84921.51555.4061-7.09812.8136-0.2202-0.2984-0.21960.6524-0.1371-0.1932-0.59590.43930.3573-0.25720.0280.36590.19670.0392-0.0319.563520.168583.6137
61.5277-3.01493.65038.161-11.173115.84720.109-0.22-0.0686-0.06920.05560.0377-0.17170.1931-0.16460.27370.13610.24570.43690.00250.293512.890920.122894.3324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1952 - 195
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1971 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3TC1 - 881 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4CD4 - 1944 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5DE2 - 1942 - 194
6X-RAY DIFFRACTION6YF1 - 881 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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