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万見
- PDB-2f86: The Association Domain of C. elegans CaMKII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f86
タイトルThe Association Domain of C. elegans CaMKII
要素Hypothetical protein K11E8.1d
キーワードTRANSFERASE / unc-43 / oligomerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / medium-term memory / HSF1-dependent transactivation / Ca2+ pathway / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / axon cytoplasm ...Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / medium-term memory / HSF1-dependent transactivation / Ca2+ pathway / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / axon cytoplasm / MAPK cascade / perikaryon / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / neuron projection / protein serine kinase activity / positive regulation of gene expression / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Rosenberg, O.S. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: Oligomerization states of the association domain and the holoenyzme of Ca2+/CaM kinase II.
著者: Rosenberg, O.S. / Deindl, S. / Comolli, L.R. / Hoelz, A. / Downing, K.H. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J.
履歴
登録2005年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hypothetical protein K11E8.1d
D: Hypothetical protein K11E8.1d
F: Hypothetical protein K11E8.1d
H: Hypothetical protein K11E8.1d
J: Hypothetical protein K11E8.1d
L: Hypothetical protein K11E8.1d
N: Hypothetical protein K11E8.1d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2367
ポリマ－115,2367
非ポリマー00
水36020
1
B: Hypothetical protein K11E8.1d
D: Hypothetical protein K11E8.1d
F: Hypothetical protein K11E8.1d
H: Hypothetical protein K11E8.1d
J: Hypothetical protein K11E8.1d
L: Hypothetical protein K11E8.1d
N: Hypothetical protein K11E8.1d

B: Hypothetical protein K11E8.1d
D: Hypothetical protein K11E8.1d
F: Hypothetical protein K11E8.1d
H: Hypothetical protein K11E8.1d
J: Hypothetical protein K11E8.1d
L: Hypothetical protein K11E8.1d
N: Hypothetical protein K11E8.1d


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,47314
ポリマ－230,47314
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area28240 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area86120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.870, 186.934, 182.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細the second part of the biological assemby is generated by the two fold axis: (-X,Y,1/2-Z)

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein K11E8.1d / CaM kinase II / Uncoordinated protein 43


分子量: 16462.326 Da / 分子数: 7 / 断片: Association Domain Fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-43, K11E8.1 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: O62305, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50 mM HEPES-sodium, pH 6.4, 100 mM KCl, 10 mM MgCl, 5% PEG 400 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. all: 33540 / Num. obs: 33540 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2
反射 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MADNESSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERV. 1.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HKX

1hkx


解像度: 2.64→46.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 152003.49 / Data cutoff high rms absF: 152003.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 3343 10 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.248 35650 --
obs0.248 33540 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.7136 Å2 / ksol: 0.333269 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.57 Å20 Å20 Å2
2---2.68 Å20 Å2
3----2.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7315 0 0 20 7335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
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X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION4water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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