PDB-2f7w: Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f7w

タイトル

Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog from Shewanella oneidensis

要素

molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics Molybdenum cofactor biosynthesis / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Mulligan, R. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog from Shewanella oneidensis
著者: Chang, C. / Mulligan, R. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f7w.cif.gz	115.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f7w.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f7w_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f7w_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	2f7w_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	2f7w_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f7yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mcj-1 3k6a-1 3k6a-2 2qq1-2 2f7y-d 2pbq-d 3mcj-2 3o75-d 4rkr-2 2qq1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC84718

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

B: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

C: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

58.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.910, 65.910, 101.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog 分子量: 19628.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: GenBank: 24371665, UniProt: Q8EKM7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5 25 % PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月21日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 38756 / Num. obs: 38213 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / Num. unique all: 3780 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 6.598 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22845	1905	5 %	RANDOM
R_work	0.17728	-	-	-
all	0.17979	36782	-	-
obs	0.17979	36271	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	-0.22 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3951	0	0	424	4375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	2.002	5617
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.451	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.097	25.092	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.622	15	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.663	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.964	1.5	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.331	2	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.728	3	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.756	4.5	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	124	-
R_work	0.192	2678	-
obs	-	-	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2293	-0.3514	0.3296	0.9355	-0.2889	0.5844	-0.0675	-0.0358	0.1095	0.1147	0.0722	-0.1141	-0.0803	-0.0094	-0.0047	0.0109	0.0069	-0.0089	-0.0137	-0.0108	-0.0525	39.605	4.21	37.443
2	1.4972	-1.7552	0.1571	3.0761	-0.8592	1.4009	0.1374	0.1291	0.1579	-0.3588	-0.0814	-0.2008	-0.0203	0.0969	-0.0559	-0.0729	-0.003	0.0273	-0.0532	0.0052	-0.031	47.347	10.353	26.937
3	2.0319	0.435	-0.788	0.6545	-0.211	0.7209	0.0008	-0.2263	-0.0038	-0.0117	-0.0109	0.016	0.062	0.1509	0.0101	-0.0098	0.0066	-0.0098	0.0103	-0.0244	-0.0505	11.193	0.154	35.267
4	3.2765	-0.3962	-1.747	0.8797	0.489	1.5699	-0.0843	0.2137	-0.2114	-0.0279	0.002	0.0165	0.1751	0.0188	0.0823	-0.0574	0.0158	-0.0168	-0.0724	-0.0243	-0.0906	14.078	-8.287	24.521
5	0.135	-0.1288	0.2013	1.1378	0.4012	0.6469	0.0495	-0.0269	0.0114	-0.0002	-0.0513	-0.011	-0.0201	-0.0395	0.0018	-0.0115	-0.0001	0.0017	0.0049	-0.0044	-0.0362	22.221	26.888	35.717
6	1.1597	0.7541	0.7617	1.4645	1.1651	1.1297	-0.0846	0.0846	0.0388	-0.2904	0.0301	0.0642	-0.1606	-0.058	0.0545	0.0015	0.0044	-0.0237	-0.0173	0.0067	-0.04	14.161	29.44	24.269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 18	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	40 - 135	40 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 39	19 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	136 - 174	136 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2 - 18	2 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	40 - 135	40 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	19 - 39	19 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	136 - 174	136 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2 - 18	2 - 18
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	40 - 135	40 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	19 - 39	19 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	136 - 174	136 - 174

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)