PDB-2f7a: BenM effector binding domain with its effector, cis,cis-muconate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f7a

タイトル

BenM effector binding domain with its effector, cis,cis-muconate

要素

HTH-type transcriptional regulator benM

キーワード

GENE REGULATION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain / muconate

機能・相同性

機能・相同性情報

catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baylyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C.

履歴

登録	2005年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f7a.cif.gz	115.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f7a.ent.gz	88.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f7a_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f7a_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	2f7a_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	2f7a_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f6gC 2f6pSC 2f78C 2f7bC 2f7cC 2f8d 2f97 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f78-d 2f6g-d 2f6p-d 4yzb-1 4m0l-4 6qz2-2 4m2l-d 4ysm-1 4lq2-1 6qz2-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator benM

B: HTH-type transcriptional regulator benM

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.741, 65.777, 117.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit (effector binding domain) is the dimer in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator 分子量: 26401.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア) 株: ADP1 / 遺伝子: benM, benR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68014

#1: タンパク質

HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator

分子量: 26401.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baylyi (バクテリア)
株: ADP1 / 遺伝子: benM, benR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68014

-
非ポリマー , 5種, 486分子

#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CCU / (2Z,4Z)-HEXA-2,4-DIENEDIOIC ACID / CIS,CIS-MUCONIC ACID / cis,cis-ムコン酸分子量: 142.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: microbatch under oil 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 1.00727 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00727 Å / 相対比: 1

Refln sys abs

Index h	Index k	Index l	I	I/σ(I)	σ(I)
0	0	3	2.76	1.5	1.87
0	0	13	10.34	1.7	6.15
0	0	15	15.2	2	7.47
0	0	17	7.61	1.4	5.34
0	0	19	15.67	2	7.93
0	0	21	14.84	1.8	8.15
0	0	23	6.76	1.3	5.01
0	0	25	11.32	1.6	7.3
0	0	27	13.83	1.7	8.07
0	0	29	16.35	1.8	9.01
0	0	35	10.69	1.4	7.53
0	0	37	12.13	1.5	8.27
0	0	39	10.31	1.4	7.25
0	0	41	11.07	1.5	7.44
0	0	43	18.86	1.8	10.36
0	0	45	11.81	1.5	8.03
0	0	47	16.3	1.7	9.49
0	0	49	10.45	1.4	7.39
0	0	51	10.49	1.4	7.56
0	0	55	9.32	1.3	6.94
0	0	57	16.43	1.6	10.19
0	0	59	17.02	1.7	10.31
0	0	61	12.51	1.4	8.69
0	3	0	4.59	1.5	3.14
0	5	0	10.22	1.9	5.27
0	7	0	9.58	1.6	6
0	9	0	12.47	1.7	7.25
0	11	0	13.28	1.6	8.36
0	13	0	11.36	1.4	8.04
0	15	0	11.52	1.5	7.91
0	19	0	14.34	1.5	9.84
0	21	0	14.13	1.4	9.81
0	23	0	13.11	1.4	9.1
0	25	0	14.85	1.5	10
0	27	0	22.22	1.8	12.18
0	31	0	26.94	1.5	17.89
0	33	0	36.43	1.6	22.4
0	35	0	27.13	1.6	17.33
3	0	0	6.29	1.5	4.11
5	0	0	5.6	1.4	4.04
7	0	0	13.48	1.7	8.1
9	0	0	7.92	1.4	5.75
11	0	0	22.12	2.2	9.96
13	0	0	16.52	1.6	10.05
15	0	0	14.09	1.4	9.77
17	0	0	19.45	1.5	13.1
19	0	0	16.21	1.5	11.14
21	0	0	16.66	1.5	11.2
23	0	0	21.47	1.6	13.75
25	0	0	16.77	1.4	11.95
27	0	0	34.36	1.9	17.67
31	0	0	27.22	1.5	18.45
33	0	0	21.66	1.4	15.59

反射

解像度: 1.5→59.028 Å / Num. all: 54680 / Num. obs: 54680 / % possible obs: 59.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.46 % / B_iso Wilson estimate: 24.51076 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.8

反射シェル

解像度: 1.49→1.55 Å / % possible obs: 0 % / R_merge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. measured obs: 0 / Num. unique all: 53 / % possible all: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2F6P

2f6p

解像度: 1.9→59.028 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 9.3 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2503	1788	4.993 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.209	35808	-	-
obs	0.209	35808	88.526 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.556 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.313 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.869 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→59.028 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3517	0	37	481	4035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.094	1.992	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3.002	8291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.434	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.341	23.5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.188	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.683	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.09	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.173	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.037	2	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.097	2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.475	5	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.65	5	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.662	7	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.023	7	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.565	10	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.527	10	5266

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.407	115	0.342	2401	0.345	2930	85.87
1.949-2.003	0.332	150	0.259	2697	0.263	2867	99.302
2.003-2.061	0.264	131	0.216	2669	0.219	2800	100
2.061-2.124	0.279	144	0.219	2557	0.222	2704	99.889
2.124-2.194	0.386	110	0.304	2283	0.307	2650	90.302
2.194-2.27	0.388	62	0.297	975	0.302	2555	40.587
2.27-2.356	0.275	91	0.218	1636	0.221	2462	70.146
2.356-2.452	0.21	113	0.214	2269	0.214	2382	100
2.452-2.561	0.294	123	0.206	2162	0.211	2285	100
2.561-2.686	0.228	119	0.205	2068	0.207	2189	99.909
2.686-2.831	0.267	92	0.203	1988	0.206	2080	100
2.831-3.002	0.246	90	0.196	1893	0.198	1983	100
3.002-3.209	0.235	89	0.193	1776	0.195	1865	100
3.209-3.465	0.243	91	0.183	1664	0.186	1756	99.943
3.465-3.794	0.222	27	0.167	455	0.17	1600	30.125
3.794-4.24	0.27	40	0.16	984	0.164	1473	69.518
4.24-4.891	0.18	72	0.147	1230	0.149	1310	99.389
4.891-5.981	0.187	68	0.186	1050	0.186	1121	99.732
5.981-8.415	0.159	42	0.198	847	0.196	899	98.888
8.415-59.028	0.277	19	0.259	416	0.26	538	80.855

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.958	0.7572	-0.1487	1.7292	0.2489	1.2895	-0.1273	0.1422	-0.0323	-0.132	0.0572	0.1514	0.0728	0.0198	0.0701	-0.0746	0.0085	0.0042	-0.0617	0.0081	0.0173	36.923	16.761	-4.217
2	38.086	-9.7111	11.2242	9.5038	2.3132	8.5092	0.0711	0.3801	-0.5455	-0.9387	-0.1043	0.0466	0.0121	-0.1862	0.0331	-0.0179	-0.0137	0.0768	-0.1353	-0.0578	-0.031	37.016	9.346	-7.292
3	1.7471	0.0111	-2.3059	14.5353	1.5108	6.7282	0.1359	0.1458	0.3046	0.019	0.0347	0.4788	-0.553	-0.5205	-0.1706	-0.1223	0.0685	-0.0221	-0.0986	0.0269	0.0136	31.202	25.835	-0.718
4	7.2753	2.2957	-0.6774	2.057	0.4878	3.1482	0.1682	-0.2022	0.4623	0.166	-0.0516	0.2428	-0.1371	-0.0814	-0.1165	-0.0956	0.012	-0.0071	-0.0669	-0.0035	0.0366	29.166	24.305	6.071
5	12.7126	-0.3052	-2.337	2.9715	1.2209	0.8874	0.3898	0.1522	0.0095	0.251	-0.393	0.0323	0.1246	-0.0863	0.0033	-0.1025	-0.046	-0.0109	0.0444	0.0563	-0.0429	34.416	20.7	12.247
6	6.304	7.2527	-3.3132	9.9232	-5.453	6.1248	0.3443	-0.1727	-0.284	0.5297	-0.3872	-0.3026	-0.7004	0.2636	0.0428	-0.0172	-0.0537	-0.0248	-0.0531	-0.0096	-0.0419	54.875	38.789	6.951
7	0.487	0.4046	-0.2552	0.8268	-0.055	1.5184	0.0366	-0.0992	-0.1209	0.0374	-0.0183	-0.0325	-0.2989	-0.0171	-0.0183	-0.0823	0.0308	-0.0106	-0.067	0.0021	-0.0537	45.401	31.092	7.936
8	0.2932	0.5661	0.199	1.5772	0.5497	1.9312	-0.0209	-0.0864	-0.0199	-0.1771	0.002	-0.0446	-0.6553	-0.2721	0.0189	0.104	0.13	-0.0073	-0.042	-0.0123	-0.1016	45.672	47.345	-16.14
9	16.3802	-3.889	5.3747	4.2906	-3.7455	23.3153	0.5052	0.5106	0.0023	-1.0854	-0.6008	0.0849	1.0422	0.9981	0.0956	0.0843	0.1031	0.0079	-0.1113	-0.0093	-0.0786	53.674	16.266	-20.915
10	1.2117	-1.0379	-0.489	3.7891	-0.3463	5.1514	0.0356	-0.1308	-0.1218	-0.3674	0.1149	0.3565	0.1454	-0.3034	-0.1506	-0.1216	-0.0402	-0.0242	-0.0598	0.0351	-0.0755	42.332	25.855	-23.427
11	0.952	-1.0701	-0.5985	1.5037	-0.4828	4.817	-0.1377	0.0495	0.1481	-0.2298	0.3887	-0.0006	0.363	-0.8306	-0.2509	-0.0735	-0.0807	-0.0285	0.0412	0.0237	-0.0548	38.78	27.039	-27.079
12	3.6672	-4.6147	3.3348	11.1043	-6.768	4.4501	-0.3411	-0.4596	-0.1834	0.7091	0.6057	0.3891	-0.3373	-0.2283	-0.2646	-0.0633	0.0603	0.0109	0.0604	0.0345	-0.0755	41.614	28.503	-10.331
13	0.1709	-0.0045	0.1448	1.6492	-0.6844	1.9996	-0.0425	-0.105	0.0134	-0.0638	0.0842	0.0058	-0.1407	-0.0465	-0.0416	-0.0694	0.0043	0.0138	-0.0498	0.0033	-0.0335	48.722	33.222	-19.194
14	9.2858	-3.4874	-1.7078	11.2116	3.3208	9.4918	0.0257	0.642	0.3362	-0.8345	0.2559	-0.6806	-2.0094	0.7598	-0.2815	0.2851	-0.1125	0.1143	-0.2095	0.0622	-0.2126	55.562	53.307	-19.913

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	84 - 112	4 - 32
2	2	A	A	113 - 121	33 - 41
3	3	A	A	122 - 131	42 - 51
4	4	A	A	132 - 151	52 - 71
5	5	A	A	152 - 160	72 - 80
6	6	A	A	161 - 174	81 - 94
7	7	A	A	175 - 311	95 - 231
8	8	B	B	90 - 171	10 - 91
9	9	B	B	172 - 178	92 - 98
10	10	B	B	179 - 204	99 - 124
11	11	B	B	205 - 224	125 - 144
12	12	B	B	225 - 235	145 - 155
13	13	B	B	236 - 276	156 - 196
14	14	B	B	277 - 302	197 - 222

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 486分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 486分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 486分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)