PDB-2f6a: Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f6a

タイトル

Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure

要素

Collagen
Collagen adhesin

キーワード

CELL ADHESION/STRUCTURAL PROTEIN / CNA / Collagen / MSCRAMM / Adhesion / ECM / CELL ADHESION-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / collagen binding / extracellular matrix organization / peptidoglycan-based cell wall / cell adhesion / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.29 Å

データ登録者

Zong, Y. / Narayana, S.L.V.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: A 'Collagen Hug' model for Staphylococcus aureus CNA binding to collagen.
著者: Zong, Y. / Xu, Y. / Liang, X. / Keene, D.R. / Hook, A. / Gurusiddappa, S. / Hook, M. / Narayana, S.V.

履歴

登録	2005年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月14日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f6a.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f6a.ent.gz	218.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f6a_validation.pdf.gz	531.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f6a_full_validation.pdf.gz	564.5 KB	表示
XML形式データ	2f6a_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	2f6a_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zet-d 489 3kcq-d 2izo-d 21244 6hgc-d 6b07-d 4bd4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Collagen adhesin

B: Collagen adhesin

C: Collagen adhesin

D: Collagen adhesin

E: Collagen

F: Collagen

G: Collagen

H: Collagen

I: Collagen

J: Collagen

149 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Collagen adhesin

C: Collagen adhesin

E: Collagen

F: Collagen

G: Collagen

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Collagen adhesin

D: Collagen adhesin

H: Collagen

I: Collagen

J: Collagen

登録者が定義した集合体
74.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Collagen adhesin

B: Collagen adhesin

C: Collagen adhesin

D: Collagen adhesin

E: Collagen

F: Collagen

G: Collagen

H: Collagen

I: Collagen

J: Collagen

A: Collagen adhesin

B: Collagen adhesin

C: Collagen adhesin

D: Collagen adhesin

E: Collagen

F: Collagen

G: Collagen

H: Collagen

I: Collagen

J: Collagen

ソフトウェアが定義した集合体
298 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.547, 193.820, 205.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	E
2	3	F
3	3	G
4	3	H
5	3	I
6	3	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	VAL	VAL	5	A	A	35 - 160	8 - 133
2	1	SER	SER	VAL	VAL	5	B	B	35 - 160	8 - 133
3	1	SER	SER	VAL	VAL	5	C	C	35 - 160	8 - 133
4	1	SER	SER	VAL	VAL	5	D	D	35 - 160	8 - 133
1	2	TYR	TYR	THR	THR	4	A	A	175 - 328	148 - 301
2	2	TYR	TYR	THR	THR	4	B	B	175 - 328	148 - 301
3	2	TYR	TYR	THR	THR	4	C	C	175 - 328	148 - 301
4	2	TYR	TYR	THR	THR	4	D	D	175 - 328	148 - 301
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	E	E	1 - 28	1 - 28
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	F	F	1 - 28	1 - 28
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	G	G	1 - 28	1 - 28
4	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	H	H	1 - 28	1 - 28
5	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	I	I	1 - 28	1 - 28
6	3	GLY	GLY	GLY	GLY	6	J	J	1 - 28	1 - 28

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Collagen adhesin 分子量: 33131.336 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: cna / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53654
#2: タンパク質・ペプチド	Collagen 分子量: 2782.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized collagen like peptide / 参照: UniProt: Q805R9*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.35 詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月12日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→50 Å / Num. all: 26299 / Num. obs: 24902 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.29→3.42 Å / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CNA

解像度: 3.29→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 29.623 / SU ML: 0.471 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.68 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30795	1348	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25193	-	-	-
all	0.277	26299	-	-
obs	0.25479	24902	94.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.29→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10394	0	0	0	10394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.059	0.022	10647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	4.844	1.99	14539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.689	5	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.698	26.216	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.51	15	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.262	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.416	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	8212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.363	0.2	6090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.377	0.2	7116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.336	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.231	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.305	1.5	7145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.061	2	11184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.748	3	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.891	4.5	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	504	medium positional	0.38	0.5
1	2	B	504	medium positional	0.51	0.5
1	3	C	504	medium positional	0.44	0.5
1	4	D	504	medium positional	0.45	0.5
2	1	A	1224	medium positional	0.61	0.5
2	2	B	1224	medium positional	0.82	0.5
2	3	C	1224	medium positional	0.68	0.5
2	4	D	1224	medium positional	0.86	0.5
1	1	A	428	loose positional	0.77	5
1	2	B	428	loose positional	0.81	5
1	3	C	428	loose positional	0.7	5
1	4	D	428	loose positional	0.81	5
3	1	E	181	loose positional	1.5	5
3	2	F	181	loose positional	1.23	5
3	3	G	181	loose positional	1.48	5
3	4	H	181	loose positional	1.28	5
3	5	I	181	loose positional	1.23	5
3	6	J	181	loose positional	1.8	5
1	1	A	504	medium thermal	10.31	2
1	2	B	504	medium thermal	9.59	2
1	3	C	504	medium thermal	5.08	2
1	4	D	504	medium thermal	7.13	2
2	1	A	1224	medium thermal	8.7	2
2	2	B	1224	medium thermal	8.99	2
2	3	C	1224	medium thermal	8.83	2
2	4	D	1224	medium thermal	8.14	2
1	1	A	428	loose thermal	16.13	10
1	2	B	428	loose thermal	14.92	10
1	3	C	428	loose thermal	13.23	10
1	4	D	428	loose thermal	15.03	10
3	1	E	181	loose thermal	12.51	10
3	2	F	181	loose thermal	13	10
3	3	G	181	loose thermal	14.49	10
3	4	H	181	loose thermal	20.36	10
3	5	I	181	loose thermal	12.2	10
3	6	J	181	loose thermal	20.64	10

LS精密化シェル

解像度: 3.293→3.379 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	99	-
R_work	0.332	1583	-
obs	-	-	83.23 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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