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- PDB-2f5x: Structure of periplasmic binding protein BugD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5x
タイトルStructure of periplasmic binding protein BugD
要素BugD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Bordetella uptake gene, domain 1 / Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / : / Exported protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Huvent, I. / Belrhali, H. / Antoine, R. / Bompard, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Bordetella pertussis BugD Solute Receptor Unveils the Basis of Ligand Binding in a New Family of Periplasmic Binding Proteins
著者: Huvent, I. / Belrhali, H. / Antoine, R. / Bompard, C. / Locht, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.
履歴
登録2005年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BugD
B: BugD
C: BugD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4906
ポリマ－102,0913
非ポリマー3993
水19,9431107
1
A: BugD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1632
ポリマ－34,0301
非ポリマー1331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BugD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1632
ポリマ－34,0301
非ポリマー1331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BugD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1632
ポリマ－34,0301
非ポリマー1331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.670, 76.420, 260.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological assembly is one monomer. THe asymmetric unit contains three monomers

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要素

#1: タンパク質 BugD


分子量: 34030.348 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 26-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
生物種: Bordetella pertussis / 株: Tohama I / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: GenBank: 33594322, UniProt: Q7VTS1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris 10 mM, (NH4)2SO4 0.2 M, PEG1500 36% (w/v), glycerol 15%, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→49.63 Å / Num. obs: 101925 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.243 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.382 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 5101 5 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.14 101925 99.7 %-
all-102090 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6750 0 27 1107 7884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.989408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3385895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.23557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7611.54493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37927247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63732428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2544.52161
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.76 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.206 382
Rwork0.158 7081
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.133 Å / Origin y: 36.774 Å / Origin z: 1.436 Å
111213212223313233
T0.0158 Å20.0002 Å2-0.0005 Å2-0.0161 Å2-0.002 Å2--0.0002 Å2
L-0.0154 °2-0.0022 °2-0.0002 °2-0.0257 °20.0567 °2--0.3602 °2
S-0.0002 Å °0.0036 Å °-0.0006 Å °-0.0007 Å °-0.0071 Å °0.0061 Å °-0.0181 Å °-0.0095 Å °0.0073 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 30014 - 312
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 30013 - 312
3X-RAY DIFFRACTION1CC2 - 30014 - 312
4X-RAY DIFFRACTION1AD9011
5X-RAY DIFFRACTION1BE9021
6X-RAY DIFFRACTION1CF9031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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