PDB-2f51: Structure of Trichomonas vaginalis thioredoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f51

タイトル

Structure of Trichomonas vaginalis thioredoxin

要素

thioredoxin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / thioredoxin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Iulek, J. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: High-resolution structure of recombinant Trichomonas vaginalis thioredoxin.
著者: Iulek, J. / Alphey, M.S. / Westrop, G.D. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2005年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f51.cif.gz	66.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f51.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f51_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f51_full_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示
XML形式データ	2f51_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	2f51_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tirS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mbx-2 1ti3-d 1m5u-d 3d9y-1 1rsn-1 2cyj-d 6hip-1 2pyr-d 4ulx-d 1s4r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: thioredoxin

B: thioredoxin

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: thioredoxin

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: thioredoxin

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.882, 33.923, 50.497
Angle α, β, γ (deg.)	106.20, 109.02, 91.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	thioredoxin 分子量: 13108.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: trx / プラスミド: pBP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 23095905, UniProt: Q8IEV4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

thioredoxin

分子量: 13108.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: trx / プラスミド: pBP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 23095905, UniProt: Q8IEV4*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.231686 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: PEG4000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→32.29 Å / Num. all: 14430 / Num. obs: 14428 / % possible obs: 90.47 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.88 % / B_iso Wilson estimate: 16.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.79 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 1234 / R_sym value: 0.074 / % possible all: 76.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB model 2TIR manipulated with MODELLER

2tir

解像度: 1.9→32.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.503 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19685	719	5 %	RANDOM
R_work	0.1447	-	-	-
all	0.14728	13709	-	-
obs	0.14728	13709	90.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	-0.37 Å²	-0.83 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0.01 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.191 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1712	0	0	326	2038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.974	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3	4496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.781	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.247	24.773	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.017	15	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.307	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.228	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.979	2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.173	2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.107	3	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.697	4.5	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.175	6	691
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	46	-
R_work	0.149	892	-
obs	-	-	80.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2111	0.3411	0.2773	1.374	-0.2088	2.7251	0.006	-0.0358	-0.0067	-0.0279	0.0036	0.0636	-0.0186	-0.1081	-0.0096	-0.0531	0.0151	0.0146	-0.0625	-0.0108	-0.0561	-5.9718	-3.8315	-11.6357
2	1.9348	-0.3956	0.0892	1.9303	0.5715	2.0955	0.0084	0.0948	-0.0193	0.0603	-0.002	-0.1056	0.0472	0.1908	-0.0064	-0.0496	-0.0278	-0.0054	-0.0329	0.0211	-0.054	13.0526	-20.3664	7.751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 112	2 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 112	2 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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