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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f4u | ||||||||||||||||||
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タイトル | Asite RNA + designer antibiotic | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / Asite RNA / designer antibiotic | 機能・相同性 | Chem-AB6 / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | データ登録者 | Murray, J.B. / Meroueh, S.O. / Russell, R.J. / Lentzen, G. / Haddad, J. / Mobashery, S. | 引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006 | タイトル: Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosomal aminoacyl-tRNA site 著者: Murray, J.B. / Meroueh, S.O. / Russell, R.J. / Lentzen, G. / Haddad, J. / Mobashery, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f4u.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f4u.ent.gz | 23.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2f4u_validation.pdf.gz | 449.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2f4u_full_validation.pdf.gz | 454.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2f4u_validation.xml.gz | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2f4u_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6743.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A-site RNA #2: 化合物 | ChemComp-AB6 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 日付: 2002年6月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→23.23 Å / Num. all: 4451 / Num. obs: 4451 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 5.8 / Scaling rejects: 300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→23.23 Å / σ(F): 161 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 95.919 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.636 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.23 Å
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Xplor file |
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