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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f48 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of A Novel Fructose 1,6-Bisphosphate and AlF3 containing Pyrophosphate-dependent Phosphofructo-1-kinase Complex from Borrelia burgdorferi | ||||||
![]() | diphosphate--fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / phosphotransfer | ||||||
機能・相同性 | ![]() diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase / diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase activity / 6-phosphofructokinase activity / fructose 6-phosphate metabolic process / response to glucose / photosynthesis / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of A Novel Fructose 1,6-Bisphosphate and AlF3 containing Pyrophosphate-dependent Phosphofructo-1-kinase Complex from Borrelia burgdorferi 著者: Wang, M. / Grum-Tokars, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 831.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 842.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62551.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: B31 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O51052, UniProt: P70826*PLUS, diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase #2: 糖 | ChemComp-FBP / | #3: 化合物 | ChemComp-AF3 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→60 Å / Num. all: 65735 / Num. obs: 65735 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.809 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→58.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.111→2.166 Å / Total num. of bins used: 20
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