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- PDB-2f46: Crystal structure of a putative phosphatase (nma1982) from neisse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f46
タイトルCrystal structure of a putative phosphatase (nma1982) from neisseria meningitidis z2491 at 1.41 A resolution
要素hypothetical protein
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase hydrolase-like protein, phosphatase-like domain / Beta-lactamase hydrolase-like protein, phosphatase-like domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / Beta-lactamase hydrolase-like protein phosphatase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis Z2491 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of NMA1982 from Neisseria meningitidis at 1.5 A resolution provides a structural scaffold for nonclassical, eukaryotic-like phosphatases.
著者: Krishna, S.S. / Tautz, L. / Xu, Q. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / DiDonato, M. / Duan, L. ...著者: Krishna, S.S. / Tautz, L. / Xu, Q. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / DiDonato, M. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Morse, A.T. / Mustelin, T. / Nigoghossian, E. / Oommachen, S. / Reyes, R. / Rife, C.L. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE STRAIN CLONED DIFFERS FROM THE SEQUENCED STRAIN IN THE DATABASE. THE ELECTRON DENSITY CLEARLY INDICATED THAT VALINE AT 45 SHOULD BE ISOLEUCINE AND SERINE AT 102 SHOULD BE TYROSINE, I.E., V45I AND S102Y. THE DNA SEQUENCE OF THE CLONED CONSTRUCT CONFIRMS THIS OBSERVATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8835
ポリマ－35,8122
非ポリマー713
水7,368409
1
A: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9412
ポリマ－17,9061
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9413
ポリマ－17,9061
非ポリマー352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.278, 33.466, 59.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 15 - 153 / Label seq-ID: 16 - 154

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 17905.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis Z2491 (髄膜炎菌)
生物種: Neisseria meningitidis / 株: FAM18 / 遺伝子: 7380613 / プラスミド: HK100:SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 7380613, UniProt: A1KVD0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.006356 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.694843 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 30.0% PEG-4000, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.019951, 0.979741
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR, DCM, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0199511
20.9797411
反射解像度: 1.41→18.62 Å / Num. obs: 46247 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value% possible all
1.41-1.4532.31.60.2762.513120.27632.3
1.45-1.4941.61.80.2213.316350.221
1.49-1.5354.420.1764.121060.176
1.53-1.5866.12.20.1395.224760.139
1.58-1.6379.22.40.1215.928390.121
1.63-1.6994.52.80.1066.533250.106
1.69-1.7599.73.10.0877.733990.087
1.75-1.8299.93.60.0777.832420.077
1.82-1.999.83.60.0688.531510.068
1.9-1.991003.60.065930120.065
1.99-2.199.93.60.0589.328440.058
2.1-2.231003.70.04810.727210.048
2.23-2.381003.60.0510.125600.05
2.38-2.571003.60.0412.223880.04
2.57-2.821003.60.03912.521850.039
2.82-3.151003.60.03513.519760.035
3.15-3.6499.93.50.03315.217730.033
3.64-4.4699.43.40.03116.314960.031
4.46-6.3199.83.30.02816.411770.028
6.31-18.6292.430.0315.46300.03

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.41→18.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.719 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE EXISTS A PSEUDO-TRANSLATION BETWEEN THE TWO MONOMERS IN THE ASU. AS A RESULT, THE L=2N+1 REFLECTIONS ARE SYSTEMATICALLY WEAK. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE EXISTS A PSEUDO-TRANSLATION BETWEEN THE TWO MONOMERS IN THE ASU. AS A RESULT, THE L=2N+1 REFLECTIONS ARE SYSTEMATICALLY WEAK. THIS RESULTS IN HIGH R-FACTOR FOR L=2N+1 REFLECTIONS. THE OVERALL R-FACTORS IS RELATIVELY HIGH DUE TO THIS REASON. THE MAPS LOOK VERY GOOD. 3. AN UNKNOWN DENSITY NEAR B88 WAS MODELED AS UNL, UNKNOWN LIGAND. 4. DATA AT HIGHEST RESOLUTION SHELLS ARE INCOMPLETE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2352 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.201 ---
obs0.20104 43885 83.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.39 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→18.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 7 409 2655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9433433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83735311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1285330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03923.383133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05415440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2221529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.95931584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5023618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.90352512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.58781028
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.44711915
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2124 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.275
LOOSE THERMAL1.2510
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 67 -
Rwork0.286 1247 -
obs--32.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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