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万見
- PDB-2f44: Crystal Structure of the Zinc-bound Shank SAM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f44
タイトルCrystal Structure of the Zinc-bound Shank SAM domain
要素SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Post-synaptic density / SAM domain / Shank / scaffolding protein / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / RET signaling / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse structural plasticity ...response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / RET signaling / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / regulation of grooming behavior / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / negative regulation of cell volume / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of behavioral fear response / neuron spine / AMPA glutamate receptor clustering / regulation of dendritic spine morphogenesis / dendritic spine morphogenesis / locomotion / brain morphogenesis / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of postsynapse organization / neural precursor cell proliferation / long-term synaptic depression / exploration behavior / ciliary membrane / positive regulation of dendritic spine development / regulation of long-term synaptic depression / adult behavior / social behavior / locomotory exploration behavior / associative learning / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / postsynaptic density, intracellular component / glial cell proliferation / synapse assembly / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / long-term synaptic potentiation / G protein-coupled receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / MAPK cascade / actin binding / scaffold protein binding / gene expression / dendritic spine / learning or memory / postsynaptic density / neuron projection / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription Factor, Ets-1 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...: / Transcription Factor, Ets-1 / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Baron, M.K. / Bowie, J.U. / Faham, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: An architectural framework that may lie at the core of the postsynaptic density.
著者: Baron, M.K. / Boeckers, T.M. / Vaida, B. / Faham, S. / Gingery, M. / Sawaya, M.R. / Salyer, D. / Gundelfinger, E.D. / Bowie, J.U.
履歴
登録2005年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5799
ポリマ－27,2763
非ポリマー3036
水1,06359
1
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1933
ポリマ－9,0921
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1933
ポリマ－9,0921
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1933
ポリマ－9,0921
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.820, 104.820, 40.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3 / Shank3 / Proline-rich synapse associated protein 2 / ProSAP2 / SPANK-2


分子量: 9092.104 Da / 分子数: 3 / 断片: SAM domain / 変異: M55E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Shank3 / プラスミド: Pet3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JLU4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Well Solution: 0.1 M HEPES pH 7.2, 0.4 M Ammonium Formate, 6.5 mM N-nonyl BD glucoside. Protein Buffer: 5 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.2825 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2825 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 17265 / Num. obs: 9135 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F3N

2f3n


解像度: 2.4→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 429 RANDOM
Rwork0.252 --
all0.254 9135 -
obs0.252 9135 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 6 59 1658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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