PDB-2f41: Crystal structure of FapR- a global regulator of fatty acid biosy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f41

タイトル

Crystal structure of FapR- a global regulator of fatty acid biosynthesis in B. subtilis

要素

Transcription factor fapR

キーワード

GENE REGULATION / 'hot-dog' fold

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Buschiazzo, A. / Guerin, M.E. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structural basis of lipid biosynthesis regulation in Gram-positive bacteria.
著者: Schujman, G.E. / Guerin, M. / Buschiazzo, A. / Schaeffer, F. / Llarrull, L.I. / Reh, G. / Vila, A.J. / Alzari, P.M. / de Mendoza, D.

履歴

登録	2005年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2f41.ent.gz	65 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2f41_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
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CIF形式データ	2f41_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ibq-2 5qud-d 5gii-d 1lqw-2 5quh-d 3jrs-2 5qug-d 4agn-2 3owb-d 5o1g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription factor fapR

B: Transcription factor fapR

C: Transcription factor fapR

D: Transcription factor fapR

54.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcription factor fapR

B: Transcription factor fapR

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcription factor fapR

D: Transcription factor fapR

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.239, 84.320, 155.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D
1	4	A
2	4	B
3	4	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	VAL	VAL	2	A	A	73 - 98	6 - 31
2	1	GLU	GLU	VAL	VAL	2	B	B	73 - 98	6 - 31
3	1	GLU	GLU	VAL	VAL	2	C	C	73 - 98	6 - 31
4	1	GLU	GLU	VAL	VAL	2	D	D	73 - 98	6 - 31
1	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	A	A	105 - 155	38 - 88
2	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	B	B	105 - 155	38 - 88
3	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	C	C	105 - 155	38 - 88
4	2	ALA	ALA	VAL	VAL	2	D	D	105 - 155	38 - 88
1	3	ARG	ARG	TYR	TYR	2	A	A	161 - 183	94 - 116
2	3	ARG	ARG	TYR	TYR	2	B	B	161 - 183	94 - 116
3	3	ARG	ARG	TYR	TYR	2	C	C	161 - 183	94 - 116
4	3	ARG	ARG	TYR	TYR	2	D	D	161 - 183	94 - 116
1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	6	A	A	98 - 104	31 - 37
2	4	VAL	VAL	ILE	ILE	6	B	B	98 - 104	31 - 37
3	4	VAL	VAL	ILE	ILE	6	D	D	98 - 104	31 - 37

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The asymmetric unit contains two dimers. The biological unit is a dimer.

#1: タンパク質	Transcription factor fapR / Fatty acid and phospholipid biosynthesis regulator 分子量: 13515.244 Da / 分子数: 4 / 断片: C-teminal domain (residues 68-188) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: fapR / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34835
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcription factor fapR / Fatty acid and phospholipid biosynthesis regulator

分子量: 13515.244 Da / 分子数: 4 / 断片: C-teminal domain (residues 68-188) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: fapR / プラスミド: pQE30 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34835

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07175 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月9日 / 詳細: toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07175 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→57.17 Å / Num. all: 14880 / Num. obs: 14880 / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / R_sym value: 0.287 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 19.696 / SU ML: 0.204 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.707 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27377	790	5.3 %	RANDOM
R_work	0.21889	-	-	-
obs	0.22162	14035	79.76 %	-
all	-	14825	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2964	0	0	8	2972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	1.913	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.928	5	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.705	23.4	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.121	15	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.418	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.219	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.109	1.5	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.193	1.5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.301	2	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.98	3	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.113	4.5	783
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	101	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	101	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	101	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	101	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	250	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	250	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	250	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	250	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	124	tight positional	0.06	0.05
3	2	B	124	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	124	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	124	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	165	medium positional	0.43	0.5
1	2	B	165	medium positional	0.51	0.5
1	3	C	165	medium positional	0.36	0.5
1	4	D	165	medium positional	0.32	0.5
2	1	A	318	medium positional	0.26	0.5
2	2	B	318	medium positional	0.25	0.5
2	3	C	318	medium positional	0.32	0.5
2	4	D	318	medium positional	0.26	0.5
3	1	A	182	medium positional	0.3	0.5
3	2	B	182	medium positional	0.3	0.5
3	3	C	182	medium positional	0.4	0.5
3	4	D	182	medium positional	0.3	0.5
4	1	A	77	loose positional	1.64	5
4	2	B	77	loose positional	1.08	5
4	3	D	77	loose positional	0.85	5
1	1	A	101	tight thermal	0.1	0.5
1	2	B	101	tight thermal	0.15	0.5
1	3	C	101	tight thermal	0.12	0.5
1	4	D	101	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	250	tight thermal	0.13	0.5
2	2	B	250	tight thermal	0.13	0.5
2	3	C	250	tight thermal	0.13	0.5
2	4	D	250	tight thermal	0.12	0.5
3	1	A	124	tight thermal	0.12	0.5
3	2	B	124	tight thermal	0.14	0.5
3	3	C	124	tight thermal	0.12	0.5
3	4	D	124	tight thermal	0.15	0.5
1	1	A	165	medium thermal	0.39	2
1	2	B	165	medium thermal	0.4	2
1	3	C	165	medium thermal	0.32	2
1	4	D	165	medium thermal	0.37	2
2	1	A	318	medium thermal	0.55	2
2	2	B	318	medium thermal	0.6	2
2	3	C	318	medium thermal	0.67	2
2	4	D	318	medium thermal	0.71	2
3	1	A	182	medium thermal	0.55	2
3	2	B	182	medium thermal	0.49	2
3	3	C	182	medium thermal	0.49	2
3	4	D	182	medium thermal	0.53	2
4	1	A	77	loose thermal	2.56	10
4	2	B	77	loose thermal	1.24	10
4	3	D	77	loose thermal	1.63	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.281	38	0.228	528	1317	42.976
2.565-2.634	0.319	45	0.25	689	1339	54.817
2.634-2.71	0.36	50	0.243	756	1231	65.475
2.71-2.793	0.315	46	0.248	926	1254	77.512
2.793-2.884	0.352	66	0.254	954	1192	85.57
2.884-2.984	0.251	64	0.251	960	1170	87.521
2.984-3.095	0.322	50	0.257	921	1120	86.696
3.095-3.22	0.298	58	0.243	896	1098	86.885
3.22-3.362	0.273	45	0.253	848	1032	86.531
3.362-3.524	0.275	39	0.241	829	1006	86.282
3.524-3.711	0.276	43	0.221	771	955	85.236
3.711-3.933	0.242	38	0.199	750	923	85.374
3.933-4.199	0.311	36	0.174	673	841	84.304
4.199-4.528	0.161	29	0.162	658	804	85.448
4.528-4.949	0.229	30	0.152	604	762	83.202
4.949-5.515	0.241	38	0.213	535	678	84.513
5.515-6.332	0.377	25	0.265	545	605	94.215
6.332-7.67	0.259	22	0.226	520	542	100
7.67-10.509	0.177	16	0.204	403	431	97.216
10.509-30	0.374	12	0.316	269	286	98.252

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