PDB-2f2o: Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f2o

タイトル

Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode

要素

Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF-hands / calcium / calmodulin / calcineurin

機能・相同性

機能・相同性情報

CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Calcineurin activates NFAT / FCERI mediated Ca+2 mobilization / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of signaling / positive regulation of saliva secretion / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / renal filtration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Ye, Q. / Wong, A. / Jia, Z.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure of calmodulin bound to a calcineurin Peptide: a new way of making an old binding mode.
著者: Ye, Q. / Li, X. / Wong, A. / Wei, Q. / Jia, Z.

履歴

登録	2005年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f2o.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f2o.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f2pSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r28-d 2f2p-d 2w73-2 2w73-1 4yxa-2 5qo3-d 5qof-d 5qn2-d 5qkh-d 5qo8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

B: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

B: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

ヘテロ分子

A: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

B: Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
80.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.237, 42.769, 71.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin 分子量: 19925.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62157, UniProt: Q309F2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.17→67.42 Å / Num. obs: 18574 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2F2P

2f2p

解像度: 2.17→67.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 7.38 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28856	1774	9.9 %	RANDOM
R_work	0.20351	-	-	-
all	0.21235	16200	-	-
obs	0.21235	16200	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0.86 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→67.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2490	0	8	178	2676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.048	0.022	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.065	1.96	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	3	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.504	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.283	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.116	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.145	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.309	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.731	1.5	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.848	2	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.858	3	962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.122	4.5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.172→2.228 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.303	125
R_work	0.196	1106

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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