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万見
- PDB-2f2f: Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2f
タイトルCrystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans
要素
  • Cytolethal distending toxin A
  • Cytolethal distending toxin B
  • cytolethal distending toxin C
キーワードTOXIN / Cytolethal distending toxin / CDT / Actinobacillus actinomycetemcomitans / oligomerization / stability and toxic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / cell outer membrane / toxin activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Cytolethal distending toxin A/C / Cytolethal distending toxin A / Cytolethal distending toxin A/C domain / Cytolethal distending toxin B / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Lectin domain of ricin B chain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...Cytolethal distending toxin A/C / Cytolethal distending toxin A / Cytolethal distending toxin A/C domain / Cytolethal distending toxin B / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Lectin domain of ricin B chain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytolethal distending toxin subunit A / Cytochrome C oxidase subunit I / Cytolethal distending toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yamada, T. / Komoto, J. / Saiki, K. / Konishi, K. / Takusagawa, F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Variation of loop sequence alters stability of cytolethal distending toxin (CDT): crystal structure of CDT from Actinobacillus actinomycetemcomitans
著者: Yamada, T. / Komoto, J. / Saiki, K. / Konishi, K. / Takusagawa, F.
履歴
登録2005年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THAT SEQUENCE IN THE PDB FILE IS CORRECT ON THE BASIS OF ELECTRON DENSITY ...SEQUENCE AUTHOR STATES THAT SEQUENCE IN THE PDB FILE IS CORRECT ON THE BASIS OF ELECTRON DENSITY MAPS AND THE OTHER CDT SEQUENCES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytolethal distending toxin A
B: Cytolethal distending toxin B
C: cytolethal distending toxin C
D: Cytolethal distending toxin A
E: Cytolethal distending toxin B
F: cytolethal distending toxin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5866
ポリマ－153,5866
非ポリマー00
水4,900272
1
A: Cytolethal distending toxin A
B: Cytolethal distending toxin B
C: cytolethal distending toxin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7933
ポリマ－76,7933
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
2
D: Cytolethal distending toxin A
E: Cytolethal distending toxin B
F: cytolethal distending toxin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7933
ポリマ－76,7933
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.65, 117.46, 123.37
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細CDT is a heterotrimer, i.e., Subunit A, B, and C form a holotoxin, and Subunit D, E, and F form another holotoxin.

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要素

#1: タンパク質 Cytolethal distending toxin A / CDT A


分子量: 24532.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: cdtA / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O87120
#2: タンパク質 Cytolethal distending toxin B / CDT B


分子量: 31528.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: cdtB / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q7DK12
#3: タンパク質 cytolethal distending toxin C / CDT C


分子量: 20731.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: cdtC / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q7DK11
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM MES, 10% MPD, 4% PEG-8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 66570 / Num. obs: 66570 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称分類
APSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1SR4

1sr4


解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 6746 RANDOM
Rwork0.221 --
all0.224 67570 -
obs0.224 66570 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8916 0 0 272 9188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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