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- PDB-2f2b: Crystal structure of integral membrane protein Aquaporin AqpM at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2b
タイトルCrystal structure of integral membrane protein Aquaporin AqpM at 1.68A resolution
要素Aquaporin aqpM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protein / integral membrane protein / channel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Lee, J.K. / Kozono, D. / Remis, J. / Kitagawa, Y. / Agre, P. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural basis for conductance by the archaeal aquaporin AqpM at 1.68 A.
著者: Lee, J.K. / Kozono, D. / Remis, J. / Kitagawa, Y. / Agre, P. / Stroud, R.M.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin aqpM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4492
ポリマ－25,3571
非ポリマー921
水2,324129
1
A: Aquaporin aqpM
ヘテロ分子

A: Aquaporin aqpM
ヘテロ分子

A: Aquaporin aqpM
ヘテロ分子

A: Aquaporin aqpM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7958
ポリマ－101,4274
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15360 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.513, 88.513, 79.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin aqpM


分子量: 25356.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌)
生物種: Methanothermobacter marburgensis / 株: Marburg / DSM 2133 / 遺伝子: aqpM / プラスミド: pTRCa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9C4Z5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000 23%, 200 mM MgCl2, 10% glycerol, TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月15日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→40 Å / Num. all: 35162 / Num. obs: 34031 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.68→1.79 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4576 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2evu

2evu


解像度: 1.68→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1665 -random
Rwork0.184 ---
all0.184 35162 --
obs0.193 34031 96.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.019 Å0.018 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.019 Å0.018 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 6 129 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 275 -
Rwork0.3 --
obs-4576 0.832 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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