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- PDB-2f0x: Crystal structure and function of human thioesterase superfamily ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f0x
タイトルCrystal structure and function of human thioesterase superfamily member 2(THEM2)
要素Thioesterase superfamily member 2
キーワードHYDROLASE / hot dog fold
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl-CoA hydrolase / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / lipid metabolic process / spindle / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / mitochondrion ...palmitoyl-CoA hydrolase / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / negative regulation of cold-induced thermogenesis / lipid metabolic process / spindle / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl-coenzyme A thioesterase 13 / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-coenzyme A thioesterase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheng, Z. / Song, F. / Shan, X. / Wang, Y. / Wei, Z. / Gong, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human thioesterase superfamily member 2
著者: Cheng, Z. / Song, F. / Shan, X. / Wei, Z. / Wang, Y. / Dunaway-Mariano, D. / Gong, W.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase superfamily member 2
B: Thioesterase superfamily member 2
C: Thioesterase superfamily member 2
D: Thioesterase superfamily member 2
E: Thioesterase superfamily member 2
F: Thioesterase superfamily member 2
G: Thioesterase superfamily member 2
H: Thioesterase superfamily member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,96928
ポリマ－131,0478
非ポリマー1,92120
水8,035446
1
A: Thioesterase superfamily member 2
B: Thioesterase superfamily member 2
C: Thioesterase superfamily member 2
D: Thioesterase superfamily member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,58015
ポリマ－65,5244
非ポリマー1,05711
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
E: Thioesterase superfamily member 2
F: Thioesterase superfamily member 2
G: Thioesterase superfamily member 2
H: Thioesterase superfamily member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,38813
ポリマ－65,5244
非ポリマー8659
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.937, 122.076, 90.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thioesterase superfamily member 2


分子量: 16380.914 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NPJ3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M (NH4)2So4, 14-16% PEG2000, 0.1M NaAc-HAc pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11931
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.95, 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
20.9791
Reflection冗長度: 7.8 % / 数: 41105 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.256 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.52.5610010.3620.8267.7
2.562.6210010.30.8757.8
2.622.6910010.2630.8867.8
2.692.7710010.2290.987.8
2.772.8610010.2241.0227.8
2.862.9610010.1921.0587.8
2.963.0810010.1681.217.8
3.083.2210010.1381.3647.8
3.223.3910010.121.457.8
3.393.6110010.1031.5347.8
3.613.8810010.0931.4387.8
3.884.2710010.0861.5747.8
4.274.8910010.0831.567.8
4.896.1610010.0931.5517.8
6.165099.710.0851.4997.6
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 52679 / Num. obs: 52679 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.928
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Num. unique all: 3480 / Χ2: 0.678 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.68 / 反射: 39096 / Reflection acentric: 38008 / Reflection centric: 1088
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
2.5-2.70.290.280.3265176400117
2.7-3.10.480.480.511161411390224
3.1-3.60.730.730.7668476680167
3.6-4.50.840.840.8368566646210
4.5-7.10.810.820.7554665240226
7.1-29.8710.870.870.8117961652144

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 168545.406 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 5220 10.2 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.219 52864 --
obs0.219 51331 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.117 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.54 Å20 Å25.05 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3----6.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7914 0 100 446 8460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.222.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 804 10.1 %
Rwork0.273 7120 -
obs-7924 90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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