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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f06 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structural genomics Hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ACT domain pair / VC0802-like / VC0802-like / ACT domain profile. / ACT domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / HISTIDINE / Acetohydroxyacid synthase small subunit Related![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron 著者: Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | tetramer generated by symmetry operation (x,x-y+1,1/6-z) of dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15779.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG 6000, 0.1M Mes pH 6.5, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月6日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 18814 / Num. obs: 18739 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 60.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1782 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.512 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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