PDB-2f06: Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f06

タイトル

Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structural genomics Hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

ACT domain pair / VC0802-like / VC0802-like / ACT domain profile. / ACT domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / HISTIDINE / Acetohydroxyacid synthase small subunit Related

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f06.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f06.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/2f06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/2f06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5u1j-2 5u1j-1 2df8-d 6srb-d 3ty2-d 2cb0-d 6c8q-4 6vpt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC81344

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.622, 64.622, 244.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

tetramer generated by symmetry operation (x,x-y+1,1/6-z) of dimer

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 15779.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q8AA93
#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG 6000, 0.1M Mes pH 6.5, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940 0.97954, 0.97172

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月6日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97954	1
3	0.97172	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 18814 / Num. obs: 18739 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 60.1

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1782 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 11.954 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24941	953	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20252	-	-	-
all	0.20481	18628	-	-
obs	0.20481	18628	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2191	0	22	85	2298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.253	1.978	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.748	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.557	26.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.696	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.578	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.267	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.313	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.341	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.415	1.5	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.985	2	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.651	3	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.072	4.5	756
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	87	-
R_work	0.241	1249	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6202	-1.1378	-0.2562	4.3265	-0.7617	5.997	-0.0469	-0.5749	-0.5447	0.5725	0.4356	0.2809	0.4925	0.2109	-0.3886	-0.0638	-0.0266	-0.0955	-0.169	0.1246	-0.1827	1.785	26.814	29.334
2	4.4259	1.6003	0.261	2.2679	1.3429	4.4024	0.1577	0.4566	-0.0068	-0.7689	0.1323	0.2121	-0.0489	0.1877	-0.2901	0.0021	0.0329	-0.0928	-0.0974	-0.0673	-0.2695	6.807	33.422	7.921
3	0.3347	-0.5895	-0.133	3.3523	-0.1605	2.225	-0.1784	0.2353	0.2397	-0.0914	0.0916	0.0015	-0.2744	-0.0715	0.0868	-0.0698	-0.0052	-0.0174	-0.1338	0.0301	-0.2074	21.431	63.267	13.843
4	2.3258	-0.2697	-0.6866	3.759	0.7396	3.8767	-0.0178	0.0413	-0.3104	-0.301	-0.0902	-0.1532	0.483	0.1065	0.108	-0.0529	0.046	0.0414	-0.0965	0.0076	-0.2976	26.132	41.37	9.972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 4	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	69 - 139	72 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	5 - 68	8 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	-2 - 4	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	69 - 139	72 - 142
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 68	8 - 71

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関連情報:EMDBヘッダ

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