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万見
- PDB-2eyr: A structural basis for selection and cross-species reactivity of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eyr
タイトルA structural basis for selection and cross-species reactivity of the semi-invariant NKT cell receptor in CD1d/glycolipid recognition
要素(NKT12) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Natural killer T cell receptor / NKT cell receptor / NKT12
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kjer-Nielsen, L. / Borg, N.A.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2006
タイトル: A structural basis for selection and cross-species reactivity of the semi-invariant NKT cell receptor in CD1d/glycolipid recognition
著者: Kjer-Nielsen, L. / Borg, N.A. / Pellicci, D.G. / Beddoe, T. / Kostenko, L. / Clements, C.S. / Williamson, N.A. / Smyth, M.J. / Besra, G.S. / Reid, H.H. / Bharadwaj, M. / Godfrey, D.I. / ...著者: Kjer-Nielsen, L. / Borg, N.A. / Pellicci, D.G. / Beddoe, T. / Kostenko, L. / Clements, C.S. / Williamson, N.A. / Smyth, M.J. / Besra, G.S. / Reid, H.H. / Bharadwaj, M. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2005年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKT12
B: NKT12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8572
ポリマ－50,8572
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
2
A: NKT12
B: NKT12

A: NKT12
B: NKT12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7154
ポリマ－101,7154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11910 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.920, 131.389, 117.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-266-

HOH

-
要素

#1: 抗体 NKT12


分子量: 23365.803 Da / 分子数: 1 / 変異: T164C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6PIZ8, UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 NKT12


分子量: 27491.525 Da / 分子数: 1 / 変異: S174C, C192A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q2YDB4, UniProt: A0A5B9*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 18% PEG 3350, 0.1M cacodylate, 0.2M lithium chloride, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→65.65 Å / Num. obs: 18076 / Observed criterion σ(F): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.65 Å / % possible all: 98.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MI5

1mi5


解像度: 2.4→65.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 21.058 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.693 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27118 1314 7.3 %RANDOM
Rwork0.23034 ---
all0.23336 ---
obs0.232 16747 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→65.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 0 55 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.9384924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5495443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19124.318176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97815588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5341522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22368
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0720.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.92732281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69253616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34871531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.418101308
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 86 -
Rwork0.325 1177 -
obs--95.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1025-2.6817-0.80445.33940.16691.19440.0587-0.0278-0.0405-0.0753-0.0710.4299-0.0742-0.13870.0122-0.12520.0293-0.02140.01870.0058-0.0905-13.8559.77851.324
211.5177-1.6247-0.83381.5166-0.10761.6014-0.0449-0.50620.45010.18650.1921-0.1005-0.1292-0.05-0.1472-0.06940.05380.0179-0.1129-0.0579-0.0540.71827.21342.819
35.82740.87990.66764.8173-1.87053.8093-0.07930.053-0.26910.38950.0508-0.5368-0.06270.16730.0285-0.10920.06820.0163-0.1551-0.0318-0.0115.533-9.28846.695
41.52551.7969-0.16433.9268-0.78180.8178-0.28980.1013-0.1226-0.28340.1992-0.36270.13840.10750.0906-0.11230.00310.0805-0.0157-0.0497-0.013215.7472.50334.422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1174 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 1221 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3AA118 - 204118 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4BB123 - 247117 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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