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- PDB-2ex4: Crystal Structure of Human methyltransferase AD-003 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ex4
タイトルCrystal Structure of Human methyltransferase AD-003 in complex with S-adenosyl-L-homocysteine
要素adrenal gland protein AD-003
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / Structural Genomics / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Min, J.R. / Wu, H. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human AD-003 protein in complex with S-adenosyl-L-homocysteine
著者: Min, J. / Wu, H. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2005年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adrenal gland protein AD-003
B: adrenal gland protein AD-003
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4094
ポリマ－54,6402
非ポリマー7692
水9,998555
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.922, 47.367, 64.734
Angle α, β, γ (deg.)105.72, 88.18, 115.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 adrenal gland protein AD-003


分子量: 27320.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): E.coli BL21 (DE3) codon plus RIL (Stratagene)
参照: UniProt: Q9BV86
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Purified AD-003 was was complexed with S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) (Sigma) at 1:5 molar ratio of protein:SAH and crystallized using the hanging drop vapor diffusion method at 20 C by ...詳細: Purified AD-003 was was complexed with S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) (Sigma) at 1:5 molar ratio of protein:SAH and crystallized using the hanging drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1.5 l of the protein solution with 1.5 l of the reservoir solution containing 18% PEG 3350, 0.2 M KCl, 0.1 M glycine, pH 9.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→100 Å / Num. all: 41514 / Num. obs: 41514 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XTP

1xtp


解像度: 1.75→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.016 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25789 2071 5 %RANDOM
Rwork0.19398 ---
all0.19731 39433 --
obs0.19731 39433 91.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.848 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.12 Å2-0.03 Å2
2--0.38 Å20.1 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→62.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3528 0 52 555 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9824918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77823.647170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59515640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3631530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8391.52277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30623546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98831581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9854.51372
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.797 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 150 -
Rwork0.238 2763 -
obs--87.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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