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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eww | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Pilus Retraction Motor PilT and Bound ATP | ||||||
要素 | twitching motility protein PilT | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Pilus Retraction Motor / ATPase / Hexameric PilT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Satyshur, K.A. / Forest, K.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of the pilus retraction motor PilT suggest large domain movements and subunit cooperation drive motility. 著者: Satyshur, K.A. / Worzalla, G.A. / Meyer, L.S. / Heiniger, E.K. / Aukema, K.G. / Misic, A.M. / Forest, K.T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: The pilus-retraction protein PilT: ultrastructure of the biological assembly 著者: Forest, K.T. / Satyshur, K.A. / Worzalla, G.A. / Hansen, J.K. / Herdendorf, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eww.cif.gz | 76.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eww.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eww_validation.pdf.gz | 742.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eww_full_validation.pdf.gz | 748.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eww_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eww_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/2eww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/2eww | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by all six operations in P6. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42559.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15606134, UniProt: O66950*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 5-8 mg/ml protein 30-45% MPD 0.2-0.4 M Ammonium Sulfate Tris, 15mM KCl 75mM 5% glycerol 5-10mM magnesium Chloride 1-5 mM ATP , pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月1日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 7481 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1093 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 29.41 / SU ML: 0.499 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.642 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.203→3.284 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 20
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