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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ewp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Estrogen Related Receptor-3 (ERR-gamma) ligand binding domaind with tamoxifen analog GSK5182 | ||||||
![]() | Estrogen-related receptor gamma | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Tamoxifen / ERR / Estrogen Related Receptor / Orphan Receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nolte, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-guided synthesis of tamoxifen analogs with improved selectivity for the orphan ERRgamma. 著者: Chao, E.Y. / Collins, J.L. / Gaillard, S. / Miller, A.B. / Wang, L. / Orband-Miller, L.A. / Nolte, R.T. / McDonnell, D.P. / Willson, T.M. / Zuercher, W.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 597.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 606.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25657.822 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TXF / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M sodium Citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→19.94 Å / Num. all: 63796 / Num. obs: 55805 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Unliganded ERRgamma structure 解像度: 2.3→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 16.7 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.442 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 3015 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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