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万見
- PDB-2ew3: Solution Structure Of The SH3 Domain Of Human SH3GL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ew3
タイトルSolution Structure Of The SH3 Domain Of Human SH3GL3
要素SH3-containing GRB2-like protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 / SH3GL3 / Solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / postsynaptic endosome / NGF-stimulated transcription / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of neuron differentiation / acrosomal vesicle / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / central nervous system development / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity ...negative regulation of clathrin-dependent endocytosis / postsynaptic endosome / NGF-stimulated transcription / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of neuron differentiation / acrosomal vesicle / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / central nervous system development / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / lipid binding / glutamatergic synapse / signal transduction / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endophilin-A3, BAR domain / Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain ...Endophilin-A3, BAR domain / Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gao, Y.G. / Yan, X.Z. / Hu, H.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for the Binding Specificities of Huntingtin Proline-Rich Region with SH3 and WW Domains
著者: Gao, Y.G. / Yan, X.Z. / Hu, H.Y.
履歴
登録2005年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3-containing GRB2-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9741
ポリマ－7,9741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 SH3-containing GRB2-like protein 3 / SH3GL3 / SH3 domain protein 2C / EEN-B2


分子量: 7973.770 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99963

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D C(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D H(CCO)NH
1623D 15N-TOCSY-HSQC
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 15N-separated NOESY
1913D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM SH3GL3-SH3 domain U-15N, 13C; 10mM sodium phosphate pH 6.0; 100mM NaCl; 5mM dithiothreitol; 0.05% w/v sodium azide; 92% H2O/8% D2O or 100% D2O92% H2O/8% D2O or 100% D2O
21mM SH3GL3-SH3 domain U-15N; 10mM sodium phosphate pH 6.0; 100mM NaCl; 5mM dithiothreitol; 0.05% w/v sodium azide; 92% H2O/8% D2O92% H2O/8% D2O
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRcollection
NMRPipeFrank Delaglioデータ解析
NMRView5Bruce A. Johnsonデータ解析
ARIA2Michael Habeck et al.精密化
CNS1.1A.T.Brunger et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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