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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2evv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the PEBP-like Protein of Unknown Function HP0218 from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | hypothetical protein HP0218 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta structure / dimer / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | YbhB/YbcL / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Xu, X. / Hong, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein HP0218 from Helicobacter pylori 著者: Kim, Y. / Xu, X. / Hong, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23806.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Bis-Tris PH6.0, 0.2M Ammonium Sulphate, 20%PEG4K, 2% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→45.75 Å / Num. all: 48287 / Num. obs: 47122 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3786 / % possible all: 79.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS 1.1 was also used in refinement.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.218 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.592→2.66 Å / Total num. of bins used: 20 /
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