PDB-2ett: Solution Structure of Human Sorting Nexin 22 PX Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ett

タイトル

Solution Structure of Human Sorting Nexin 22 PX Domain

要素

Sorting nexin-22

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / PX domain / sorting nexin 22 / BC019655 / SNX22_HUMAN / Hs.157607 / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol binding / cytoplasmic vesicle membrane / protein transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS FOR INITIAL STRUCTURE CALCULATION, MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING FOR FINAL STRUCTURE REFINEMENT

データ登録者

Song, J. / Zhao, Q. / Tyler, R.C. / Lee, M.S. / Newman, C.L. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of human sorting nexin 22.
著者: Song, J. / Zhao, K.Q. / Newman, C.L. / Vinarov, D.A. / Markley, J.L.

履歴

登録	2005年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ett.cif.gz	930.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ett.ent.gz	789.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ett.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ett_validation.pdf.gz	356.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ett_full_validation.pdf.gz	507.3 KB	表示
XML形式データ	2ett_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	2ett_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2ett ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2ett	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5v50-6 6rh6-d 3f9z-4 4cdj-1 2mvw-d 5b5o-1 3gs2-3 5h3m-d 2md5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.33811

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sorting nexin-22

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Sorting nexin-22 分子量: 15219.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: WHEAT GERM CELL-FREE, IN VITRO EXPRESSION / 遺伝子: SNX22 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q96L94

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	1H,15N-HSQC
1	2	1	1H,13C-HSQC
1	3	1	HN(CA)CB
1	4	1	CBCA(CO)NH
1	5	1	C(CO)NH
1	6	1	H(CCO)NH
1	7	1	HBACONH
1	8	1	HNHA
1	9	1	HNCA
1	10	1	HN(CO)CA
1	11	1	HNCO
1	12	1	(H)CCH-TOCSY
1	13	1	13C-edited 1H,1H-NOESY
1	14	1	15N-edited 1H,1H-NOESY

NMR実験の詳細

Text: ALL TRIPLE-RESONANCE AND NOESY SPECTRA WERE ACQUIRED USING A CRYOGENIC PROBE.

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 MM 13C,15N-LABELED BC019655, 10 MM BIS-TRIS, 100 MM NACL, 10 MM DTT, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM SODIUM GLUTAMATE, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 202 mM / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
XPLOR-NIH 2.9.3.	G. Marius Clore, John Kuszewski, Charles D. Schwieters, Nico Tjandra.	精密化
VNMR 1.1		構造決定
NMRPIPE 97.027.12.56.		構造決定
SPARKY 3.72		構造決定
CYANA 2.1		構造決定
XPLOR-NIH 2.9.3.		構造決定

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS FOR INITIAL STRUCTURE CALCULATION, MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING FOR FINAL STRUCTURE REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1885 NOE RESTRAINTS (801 INTRA, 449 SEQUENTIAL, 277 MEDIUM, AND 358 LONG RANGE), 76 HBOND RESTRAINTS, AND 172 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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