PDB-2eth: Crystal structure of a marr-like transcriptional regulator (tm081...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eth

タイトル

Crystal structure of a marr-like transcriptional regulator (tm0816) from thermotoga maritima at 2.50 A resolution

要素

transcriptional regulator, putative, Mar family

キーワード

TRANSCRIPTION / marr family / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Transcriptional regulator, putative, MAR family (tm0816) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eth.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eth.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eth_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eth_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	2eth_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	2eth_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2eth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2eth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2r6s-d 6gpe-2 6p2u-d 6gpe-1 2rve-2 1jr7-d 6qdt-d 6pmt-d 4j6s-2 6yfv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282686

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: transcriptional regulator, putative, Mar family

B: transcriptional regulator, putative, Mar family

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: transcriptional regulator, putative, Mar family

B: transcriptional regulator, putative, Mar family

ヘテロ分子

A: transcriptional regulator, putative, Mar family

B: transcriptional regulator, putative, Mar family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.852, 58.439, 80.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.910, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	PHE	5	A	A	2 - 17	14 - 29
2	1	ASP	PHE	5	B	B	2 - 17	14 - 29
1	2	LYS	GLU	5	A	A	31 - 54	43 - 66
2	2	LYS	GLU	5	B	B	31 - 54	43 - 66
1	3	PHE	VAL	1	A	A	55 - 63	67 - 75
2	3	PHE	VAL	1	B	B	55 - 63	67 - 75
1	4	THR	ARG	5	A	A	64 - 78	76 - 90
2	4	THR	ARG	5	B	B	64 - 78	76 - 90
1	5	VAL	GLU	5	A	A	91 - 140	103 - 152
2	5	VAL	GLU	5	B	B	91 - 140	103 - 152

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	transcriptional regulator, putative, Mar family 分子量: 18197.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm0816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZS3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 6.5 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97932

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97932	1

反射

解像度: 2.3→47.19 Å / Num. obs: 14519 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
2.3-2.36	45.1	3.1	0.637	1.2	547	0.637
2.36-2.42	53.4	3.3	0.563	1.3	629	0.563
2.42-2.49	64.9	3.4	0.513	1.5	749	0.513
2.49-2.57	76.7	3.4	0.401	0.7	856	0.401
2.57-2.66	96.6	3.6	0.326	2.2	1064	0.326
2.66-2.75	98.2	3.6	0.291	2.5	1050	0.291
2.75-2.85	97.9	3.6	0.213	3.4	994	0.213
2.85-2.97	98.2	3.6	0.173	4.2	961	0.173
2.97-3.1	98.2	3.6	0.127	5.7	923	0.127
3.1-3.25	98.4	3.6	0.101	6.6	893	0.101
3.25-3.43	98.5	3.6	0.081	8.2	840	0.081
3.43-3.64	98.4	3.6	0.057	11.1	803	0.057
3.64-3.89	98.9	3.6	0.046	13.7	755	0.046
3.89-4.2	98.4	3.6	0.039	16	709	0.039
4.2-4.6	98.9	3.6	0.033	18.5	641	0.033
4.6-5.14	98.9	3.6	0.031	20.5	593	0.031
5.14-5.94	98.8	3.6	0.038	15.5	530	0.038
5.94-7.27	99	3.5	0.035	16.9	448	0.035
7.27-10.29	99.2	3.5	0.025	20.6	343	0.025
10.29-47.19	95.4	3.3	0.021	27.6	191	0.021

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 14.641 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.258
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THE NOMINAL RESOLUTION IS 2.50 A WITH 1303 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 2.50-2.30 (35.8% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	732	5 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
all	0.229	-	-	-
obs	-	13786	87.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0 Å²	0.29 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	1	47	2190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.562	1.974	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.975	3	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.05	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.283	23.457	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.126	15	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.667	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.297	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.305	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.929	1.5	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.198	1.5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.507	2	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.256	3	823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.496	4.5	686

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	96	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	100	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
1	96	MEDIUM THERMAL	0.56	2
1	100	LOOSE THERMAL	1.05	10
2	142	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
2	177	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
2	142	MEDIUM THERMAL	1.12	2
2	177	LOOSE THERMAL	1.86	10
3	96	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	96	TIGHT THERMAL	0.58	0.5
4	89	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
4	99	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
4	89	MEDIUM THERMAL	1.28	2
4	99	LOOSE THERMAL	2.34	10
5	295	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
5	326	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
5	295	MEDIUM THERMAL	1.29	2
5	326	LOOSE THERMAL	2.06	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	19	-
R_work	0.248	527	-
obs	-	-	44.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9811	-4.5478	6.8038	4.5122	-3.0521	13.6875	-0.0752	1.1422	-0.0325	-0.3583	-0.044	0.2782	-0.8348	1.0715	0.1191	0.0034	-0.2456	0.0525	0.4233	-0.159	0.0971	9.8254	11.3633	8.108
2	0.6223	-0.4964	-0.9975	1.2853	0.6316	4.9359	-0.1222	-0.1392	0.0826	0.1161	0.0499	0.1373	-0.0804	-0.2332	0.0723	-0.1937	-0.0389	0	-0.0943	-0.0433	-0.1312	18.1969	19.2402	24.9892
3	13.0976	-5.4347	1.1762	14.6885	-4.0813	10.8819	0.025	0.7093	0.7019	-1.0184	0.1763	0.4512	-0.117	-1.0201	-0.2013	-0.0388	-0.1467	-0.0331	0.0613	0.0654	-0.1674	19.2733	21.9614	16.6476
4	3.4559	1.6504	-1.3881	1.0243	-0.4374	0.7729	0.05	0.0073	0.2219	-0.0065	0.0686	0.327	0.1437	-0.1276	-0.1186	-0.0233	-0.0709	-0.0305	0.0008	0.0769	0.0491	1.5966	11.6534	11.3381

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 23	12 - 35
2	2	A	A	24 - 140	36 - 152
3	3	B	B	0 - 23	12 - 35
4	4	B	B	24 - 140	36 - 152

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