PDB-2eq4: Solution structure of the 11th C2H2 type zinc finger domain of Zi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eq4

タイトル

Solution structure of the 11th C2H2 type zinc finger domain of Zinc finger protein 224

要素

Zinc finger protein 224

ジンクフィンガー

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

C2H2 (アセチレン) /

zinc finger domain (ジンクフィンガー) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Generic Transcription Pathway / transcription repressor complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific /

核膜 / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dyanamics,

simulated annealing

データ登録者

Masuda, K. / Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the 11th C2H2 type zinc finger domain of Zinc finger protein 224
著者: Masuda, K. / Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eq4.cif.gz	255.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eq4.ent.gz	213.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/2eq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/2eq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2eq0-d 6u47-d 6v5g-d 2au4-d 5tx2-2 6os8-d 4pz5-d 6osd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso003012948.12

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (10) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (10)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (6)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Zinc finger protein 224

ヘテロ分子

4.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Zinc finger protein 224 / ジンクフィンガー / Zinc finger protein 27 / Zinc finger protein 233 / Zinc finger protein 255 / Bone marrow zinc ...Zinc finger protein 27 / Zinc finger protein 233 / Zinc finger protein 255 / Bone marrow zinc finger 2 / BMZF-2 / Zinc finger protein KOX22 分子量: 4748.277 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: ZNF224, BMZF2, KOX22, ZNF233, ZNF255, ZNF27 / プラスミド: P061225-41 / 参照: UniProt: Q9NZL3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質・ペプチド

Zinc finger protein 224 /

ジンクフィンガー / Zinc finger protein 27 / Zinc finger protein 233 / Zinc finger protein 255 / Bone marrow zinc ...

分子量: 4748.277 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: ZNF224, BMZF2, KOX22, ZNF233, ZNF255, ZNF27 / プラスミド: P061225-41 / 参照: UniProt: Q9NZL3

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.11mM 13C-15N PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O ;0.05mM ZnCl2, 1mM IDA 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20060702	Delaglio,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A.	データ解析
KUJIRA	0.982	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dyanamics,

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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