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万見
- PDB-2elg: The rare crystallographic structure of d(CGCGCG)2: The natural sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2elg
タイトルThe rare crystallographic structure of d(CGCGCG)2: The natural spermidine molecule bound to the minor groove of left-handed Z-DNA d(CGCGCG)2 at 10 degree celsius
要素DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
キーワードDNA / d(CGCGCG)2 / left-handed Z-DNA / spermidine / polyamine
機能・相同性SPERMIDINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Ohishi, H. / Tozuka, Y. / Zhou, D.Y. / Ishida, T. / Nakatani, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: The rare crystallographic structure of d(CGCGCG)(2): The natural spermidine molecule bound to the minor groove of left-handed Z-DNA d(CGCGCG)(2) at 10 degrees C
著者: Ohishi, H. / Tozuka, Y. / Da-Yang, Z. / Ishida, T. / Nakatani, K.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8627
ポリマ－3,6202
非ポリマー2415
水1,20767
1
A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,72314
ポリマ－7,2414
非ポリマー48210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area2590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.847, 30.988, 44.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.681153 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.83592 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10mM Sodium cacodilate, 1M Magnesium chloride, 100mM spermidine trichloride, 8%MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium cacodilate11
2Magnesium chloride11
3spermidine trichloride11
4MPD11
5HOH11
6Sodium cacodilate12
7Magnesium chloride12
8MPD12
9HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→25 Å / Num. obs: 11287 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 5.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル最高解像度: 1 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Mean I/σ(I) obs: 20.7 / Num. unique all: 11287 / Rsym value: 0.057 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MERLOT位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DJ6

1dj6


解像度: 1→7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 520 -random
Rwork0.232 ---
all0.253 11287 --
obs0.244 11232 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 5.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 273 36 201 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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