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- PDB-2ekn: Structure of PH1811 protein from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ekn
タイトルStructure of PH1811 protein from Pyrococcus horikoshii
要素Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / molybdenum cofactor biosynthesis protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP 3',8'-cyclase activity / cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Probable cyclic pyranopterin monophosphate synthase accessory protein, archaea / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdenum cofactor biosynthesis C / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain superfamily / MoaC family / : / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Probable cyclic pyranopterin monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of PH1811 protein from Pyrococcus horikoshii
著者: Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / Kamiya, T. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4145
ポリマ－53,0363
非ポリマー3782
水4,882271
1
A: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子

A: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,82910
ポリマ－106,0726
非ポリマー7564
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area21450 Å2
ΔGint-82.1 kcal/mol
Surface area28330 Å2
手法PISA
2
C: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C

A: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4145
ポリマ－53,0363
非ポリマー3782
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-7.7 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
3
A: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
C: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5473
ポリマ－35,3572
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
4
B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子

B: Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7364
ポリマ－35,3572
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area4250 Å2
ΔGint-14.7 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.910, 119.910, 63.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Probable molybdenum cofactor biosynthesis protein C


分子量: 17678.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: moaC / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O59475
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.5M LiCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月13日 / 詳細: GRAPHITE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 33080 / Num. obs: 33087 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EKR

1ekr


解像度: 2.05→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1643 -random
Rwork0.19 ---
obs0.19 33087 99.9 %-
all-33080 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3413 0 26 271 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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