PDB-2ekf: Solution structure of RUH-075, a human CUE domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ekf

タイトル

Solution structure of RUH-075, a human CUE domain

要素

Ancient ubiquitous protein 1

キーワード

LIGASE / CUE / Ubiquitin ligase complex / Ubiquitin-conjugating enzyme / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

lipophagy / lipid droplet formation / lipid droplet organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / protein localization to lipid droplet / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway / lipid droplet / autophagosome / ubiquitin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Solution structure of RUH-075, a human CUE domain
著者: Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ekf.cif.gz	327.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ekf.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ekf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ekf_validation.pdf.gz	342.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ekf_full_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示
XML形式データ	2ekf_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	2ekf_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wvo-d 1esr-d 1fow-d 2m2l-d 2k1m-d 2d4f-d 6vgj-5 1x2m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso003002156.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ancient ubiquitous protein 1

6.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Ancient ubiquitous protein 1 分子量: 6321.216 Da / 分子数: 1 断片: CUE, Domain involved in Binding Ubiquitin-conjugating Enzyme 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P060828-06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y679

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.30mM Domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90%H2O, 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1c	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	collection
NMRView	5.04	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.955	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.07	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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