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- PDB-2ejq: Conserved hypothetical protein (TTHA0227) from Thermo thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ejq
タイトルConserved hypothetical protein (TTHA0227) from Thermo thermophilus HB8
要素Hypothetical protein TTHA0227
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Zincin-like - #20 / Zincin-like metallopeptidase / Zincin-like metallopeptidase superfamily / Zincin-like metallopeptidase / Zincin-like / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Conserved hypothetical protein (TTHA0227) from Thermo thermophilus HB8
著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TTHA0227
B: Hypothetical protein TTHA0227
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6593
ポリマ－29,6352
非ポリマー241
水2,000111
1
A: Hypothetical protein TTHA0227


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8171
ポリマ－14,8171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein TTHA0227
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8422
ポリマ－14,8171
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.509, 63.281, 98.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein TTHA0227


分子量: 14817.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SLR6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4349.45
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.21.2M Ammonium tartrate, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法70.075 Bis-Tris Propane, 1M Succinic acid, 2% 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B211
シンクロトロンSPring-8 BL26B220.97915, 0.97972, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年5月22日mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年10月2日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979151
30.979721
40.91
Reflection

Χ2: 1 / D res low: 50 Å / 冗長度: 6.8 %

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsD res high (Å)Num. obs% possible obs
119907610.0632.31333797.4
218.8903420.0582.31330197.4
317871610.0952.311286197.3
Diffraction reflection shell

Chi squared: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRedundancyRejects
4.955098.110.0495.9666
3.934.9599.510.0376.5181
3.443.9378.310.0495.245
3.123.4499.810.055710
2.93.1299.910.0787.12
2.732.999.910.1277.25
2.592.7399.910.1857.26
2.482.5999.710.2567.32
2.382.4899.810.3627.37
2.32.3899.510.4687.35
4.955098.120.0435.9666
3.934.9599.620.0346.5181
3.443.9377.720.0485.145
3.123.4499.920.0526.910
2.93.1299.920.0787.12
2.732.999.820.1237.25
2.592.7399.920.1867.26
2.482.5999.820.267.32
2.382.4899.820.3527.37
2.32.3899.520.4617.25
4.985099.430.1476.1666
3.954.9899.630.0336.6181
3.453.9574.630.0514.545
3.133.4599.830.0586.910
2.913.1310030.08572
2.742.9110030.1347.15
2.62.7499.830.2087.26
2.492.699.930.2647.32
2.392.4999.830.367.37
2.312.3999.930.4847.35
反射解像度: 2.08→37.5 Å / Num. all: 18013 / Num. obs: 17938 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.85 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 21.8 / Scaling rejects: 929
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured all: 11770 / Num. unique all: 1755 / Χ2: 0.7 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97914.92-6.8
13 wavelength20.93.38-3.55
13 wavelength30.97973.04-8.54
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se52.6110.3190.5430.1061.265
2Se41.3330.8230.2890.1210.963
Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.7 / 反射: 9078 / Reflection acentric: 7688 / Reflection centric: 1390
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.4-19.8940.910.930.86432277155
4.6-7.40.890.90.8613201023297
3.7-4.60.860.870.8214901256234
3.3-3.70.780.790.7413691185184
2.8-3.30.570.570.5527922446346
2.6-2.80.320.310.3416751501174

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: model derived from Se-MAD experiment transfered to higher resolution Native data set after single rebuilding cycle

解像度: 2.08→37.48 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 866 4.8 %random
Rwork0.235 ---
all0.235 18013 --
obs0.235 17938 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 55.301 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 57.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.942 Å20 Å20 Å2
2---1.423 Å20 Å2
3---13.365 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1814 0 1 111 1926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.411762
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.254772
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.891982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3335 83 -
Rwork0.3466 --
obs-1755 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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