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- PDB-2ej8: Crystal structure of APPL1 PTB domain at 1.8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ej8
タイトルCrystal structure of APPL1 PTB domain at 1.8A
要素DCC-interacting protein 13 alpha
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / regulation of glucose import / protein kinase B binding / maintenance of synapse structure / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process ...negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / regulation of glucose import / protein kinase B binding / maintenance of synapse structure / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / early phagosome / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / vesicle membrane / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / intracellular vesicle / regulation of innate immune response / beta-tubulin binding / phosphatidylserine binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of protein localization to plasma membrane / ruffle / phosphatidylinositol binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of glucose import / protein import into nucleus / insulin receptor signaling pathway / presynapse / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / postsynapse / early endosome / endosome membrane / endosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain ...APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / AH/BAR domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DCC-interacting protein 13-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Tanabe, H. / Hosaka, T. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of APPL1 PTB domain at 1.8A
著者: Tanabe, H. / Hosaka, T. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCC-interacting protein 13 alpha
B: DCC-interacting protein 13 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1092
ポリマ－36,1092
非ポリマー00
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.230, 63.566, 52.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DCC-interacting protein 13 alpha / Dip13 alpha / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 1


分子量: 18054.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: E.coli Cell-free expression system / 遺伝子: APPL1 / 参照: UniProt: Q9UKG1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100mM Na Citrate, 10% PEG 3350, 15% Isopropanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 24816 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5652 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.59801
反射 シェル解像度: 1.84→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.73783 / Num. unique all: 1784 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.075 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.; ANOMALOUS DATA WAS USED IN THE REFINEMENT. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR POHASING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23014 1280 5.1 %RANDOM
Rwork0.19332 ---
obs0.19526 23949 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å2-1.48 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 0 168 2273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9542878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80534449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6845260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3640.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4761.51316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79722143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7933807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4084.5735
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 72
Rwork0.258 1784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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