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万見
- PDB-2eip: INORGANIC PYROPHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eip
タイトルINORGANIC PYROPHOSPHATASE
要素SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードINORGANIC PYROPHOSPHATASE / HYDROLASE / MAGNESIUM / INORGANIC PYROPHOSHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic triphosphate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kankare, J.A. / Salminen, T. / Goldman, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase at 2.2 A resolution.
著者: Kankare, J. / Salminen, T. / Lahti, R. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: New Crystal Forms of Escherichia Coli and Saccharomyces Cerevisiae Soluble Inorganic Pyrophosphatase
著者: Heikinheimo, P. / Salminen, T. / Cooperman, B. / Lahti, R. / Goldman, A.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994
タイトル: The Structure of E.Coli Soluble Inorganic Pyrophosphatase at 2.7 A Resolution
著者: Kankare, J. / Neal, G.S. / Salminen, T. / Glumhoff, T. / Cooperman, B.S. / Lahti, R. / Goldman, A.
履歴
登録1996年1月10日処理サイト: BNL
置き換え1996年11月8日ID: 1EIP
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1952
ポリマ－39,1952
非ポリマー00
水2,540141
1
A: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE

A: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE

A: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5846
ポリマ－117,5846
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area39210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.200, 110.200, 156.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.51, 0.86, 0.005), (0.86, 0.51, 0.003), (0.006, -1)
ベクター: -0.267, -0.16, 70.72)
詳細THE ACTIVE ENZYME IS A HEXAMER. THE ASYMMETRIC UNIT OF THIS CRYSTAL FORM CONTAINS TWO MONOMERS OF THE ACTIVE HEXAMER. THE WHOLE HEXAMER CAN BE GENERATED BY APPLYING TWICE THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD ROTATIONS AROUND C-AXIS. THE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED BY A LOCAL TWO-FOLD OPERATOR PARALLEL TO THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD.

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要素

#1: タンパク質 SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量: 19597.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7A9, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1drop
32 mM1dropMnCl2
40.1 MHEPES1reservoir
50.75 Msodium citrate1reservoir
64 mM1reservoirKH2PO4

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 16178 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射
*PLUS
Num. measured all: 140425
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 72 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 -5 %
Rwork0.183 --
obs0.183 15787 86.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 0 141 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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