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- PDB-2ehb: The structure of the C-terminal domain of the protein kinase AtSO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ehb
タイトルThe structure of the C-terminal domain of the protein kinase AtSOS2 bound to the calcium sensor AtSOS3
要素
  • CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24
  • Calcineurin B-like protein 4
キーワードSIGNALLING PROTEIN/Transferase / protein complex / Ca(II) ions bound to SOS3 (EF-hands 1 and 4) / SOS2 FISL motif / SOS2 phosphatase binding domain (PPI) / SIGNALLING PROTEIN-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hypotonic salinity response / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / plant-type vacuole membrane / calcineurin complex / intracellular potassium ion homeostasis / detection of calcium ion / response to salt stress / calcium-mediated signaling / kinase binding / non-specific serine/threonine protein kinase ...hypotonic salinity response / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / plant-type vacuole membrane / calcineurin complex / intracellular potassium ion homeostasis / detection of calcium ion / response to salt stress / calcium-mediated signaling / kinase binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Calcineurin B-like / Kinase associated domain 1, KA1 / EF hand / TATA-Binding Protein / EF-hand / Recoverin; domain 1 ...NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Calcineurin B-like / Kinase associated domain 1, KA1 / EF hand / TATA-Binding Protein / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcineurin B-like protein 4 / CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: The structure of the C-terminal domain of the protein kinase AtSOS2 bound to the calcium sensor AtSOS3
著者: Sanchez-Barrena, M.J. / Fujii, H. / Angulo, I. / Martinez-Ripoll, M. / Zhu, J.K. / Albert, A.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcineurin B-like protein 4
D: CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4954
ポリマ－40,4152
非ポリマー802
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.137, 57.387, 141.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcineurin B-like protein 4 / Protein SALT OVERLY SENSITIVE 3 / SOS3


分子量: 24045.750 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 1-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SOS3 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3) / 参照: UniProt: O81223
#2: タンパク質 CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24 / SALT OVERLY SENSITIVE 2 protein / SOS2 / SNF1-related kinase 3.11


分子量: 16368.982 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (residues 304-446) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SOS2 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)
参照: UniProt: Q9LDI3, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: drops: 10mg/ml SOS3:C-SOS2, reservoir solution: 20%(w/v) PEG4000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2M Lithium Sulfate, 3%(v/v) Ethylene Glycol; 1M Guanidine HCl in a ratio of 1:1:0.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: drops: 10mg/ml SOS3:C-SOS2, reservoir solution: 20%(w/v) PEG4000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2M Lithium Sulfate, 3%(v/v) Ethylene Glycol; 1M Guanidine HCl in a ratio of 1:1:0.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月16日
詳細: The main optical elements are a liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator and a cylindrical grazing incidence mirror, the latter which is bent to approximate to a toroidal curvature.
放射モノクロメーター: There is a high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.9 Å / Num. all: 25141 / Num. obs: 25141 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of SOS3

解像度: 2.1→70.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.57 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25932 1066 4.9 %RANDOM
Rwork0.21453 ---
all0.2168 20664 --
obs0.2168 20664 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.88 Å20 Å20 Å2
2---2.42 Å20 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→70.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 2 210 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9673437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48923.73126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57415486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5281521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21763
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8431.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42222484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19331084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.634.5953
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 78 -
Rwork0.286 1488 -
obs-1488 99.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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