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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eh9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HBAF250B at-rich interaction domain (ARID) | ||||||
![]() | AT-rich interactive domain-containing protein 1B | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING DOMAIN / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to angiotensin / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair ...bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / cellular response to angiotensin / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / nucleosome binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to ischemia / positive regulation of cell differentiation / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Niwa, H. / Shimada, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the HBAF250B at-rich interaction domain (ARID) 著者: Shimada, A. / Niwa, H. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cxyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13973.688 Da / 分子数: 1 / 断片: AT-RICH INTERACTION DOMAIN (ARID) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: DNA(dCGCGAATTCGCG), 120MM MGCL2, 60MM TRIS-HCL, 18% PEG4000, 20MM ZNCL2, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月27日 |
放射 | モノクロメーター: SI DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 9616 / Num. obs: 9616 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 36.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 767 / % possible all: 81.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CXY 解像度: 2→36.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1252250.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5711 Å2 / ksol: 0.374269 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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