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- PDB-2eh1: Stage V Sporolation Protein S (SpoVS) from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eh1
タイトルStage V Sporolation Protein S (SpoVS) from Thermus thermophilus
要素Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
キーワードCELL CYCLE / Sporulation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sporulation stage V, protein S / Stage V sporulation protein S (SpoVS) / Alba-like domain / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Stage V Sporolation Protein S (SpoVS) from Thermus thermophilus
著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
B: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,06310
ポリマ－19,5782
非ポリマー4858
水1,31573
1
A: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9734
ポリマ－9,7891
非ポリマー1833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0916
ポリマ－9,7891
非ポリマー3025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
ヘテロ分子

B: Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,06310
ポリマ－19,5782
非ポリマー4858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-1/31
Buried area2730 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.778, 71.778, 80.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Stage V sporulation protein S (SpoVS) related protein


分子量: 9789.034 Da / 分子数: 2 / 変異: L22MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SK02
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 100mM Imidazole, 25% propylene glycol, 200mM Zinc Acetate, 10% glycerol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97896, 0.97926, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978961
20.979261
30.91
Reflection

D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.9

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs
10.4119.81237750.081.0511861
10216.61193690.082111942
10.4317.61238910.0770.9911912
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.855099.510.071.0839.2
3.854.8510010.061.0310.2
3.363.8510010.0641.08410.4
3.053.3610010.0781.00610.6
2.833.0510010.0930.99310.6
2.672.8310010.1061.04310.6
2.532.6710010.1291.04210.7
2.422.5310010.1511.07610.7
2.332.4210010.181.06710.7
2.252.3310010.2191.04410.7
4.855099.620.0591.0759.2
3.854.8510020.0561.08510.2
3.363.8510020.0630.92610.4
3.053.3610020.0840.97210.5
2.833.0510020.1141.02310.6
2.672.8310020.1451.03410.7
2.532.6710020.2021.03410.7
2.422.5310020.2490.9710.4
2.332.4299.820.3030.9089.5
2.252.3399.320.40.8887.7
4.855099.430.0591.0139.2
3.854.8510030.0561.06310.1
3.363.8510030.061.17210.4
3.053.3610030.0750.91510.5
2.833.0510030.0950.93410.6
2.672.8310030.1140.98610.6
2.532.6710030.1460.97810.7
2.422.5310030.1750.98110.7
2.332.4210030.2140.9710.7
2.252.3310030.2660.91610.5
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 11861 / Num. obs: 11861 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 12.8 / Num. unique all: 1145 / Χ2: 1.044 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 11817
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.69-10061.70.822502
5.27-6.6958.50.919502
4.56-5.2757.10.94507
4.12-4.5655.90.948509
3.82-4.12600.935508
3.58-3.8258.30.933506
3.4-3.5858.70.932509
3.25-3.462.20.925508
3.11-3.2560.90.915507
3-3.11610.913509
2.91-360.10.919517
2.82-2.9167.20.91514
2.74-2.8265.10.888512
2.68-2.7468.30.909512
2.61-2.6872.60.908503
2.56-2.6168.40.901520
2.5-2.5670.80.91531
2.45-2.571.50.884532
2.4-2.45770.883543
2.36-2.475.50.908569
2.31-2.3677.60.896550
2.25-2.3182.60.816947

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法5位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→33.9 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1060 4.8 %random
Rwork0.199 ---
all0.199 11803 --
obs0.199 11803 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 48.828 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.298 Å2-2.835 Å20 Å2
2---3.298 Å20 Å2
3---6.596 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 26 73 1432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0086221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.554422
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.394912
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.885082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 86 -
Rwork0.1972 --
obs-2114 96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4act.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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