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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2egd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human S100A13 in the Ca2+-bound state | ||||||
![]() | Protein S100-A13 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / EF-HAND | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of interleukin-1 alpha production / RAGE receptor binding / mast cell degranulation / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cytokine production / calcium-dependent protein binding / protein transport / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / copper ion binding / lipid binding ...positive regulation of interleukin-1 alpha production / RAGE receptor binding / mast cell degranulation / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cytokine production / calcium-dependent protein binding / protein transport / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / copper ion binding / lipid binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Imai, F.L. / Nagata, K. / Yonezawa, N. / Nakano, M. / Tanokura, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human S100A13 in the Ca2+-bound state 著者: Imai, F.L. / Nagata, K. / Yonezawa, N. / Nakano, M. / Tanokura, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of human S100A13 著者: Imai, F.L. / Nagata, K. / Yonezawa, N. / Yu, J. / Ito, E. / Kanai, S. / Tanokura, M. / Nakano, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xk4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11490.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.2M NaCl, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日 詳細: Rotated-inclined double-crystal monochromator, rhodium-coated horizontal mirror |
放射 | モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator, rhodium-coated horizontal mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17786 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 31.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XK4 解像度: 1.8→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.972 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.001 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.796→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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