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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2efg | ||||||
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タイトル | TRANSLATIONAL ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / ELONGATION FACTOR / TRANSLOCASE / RIBOSOME / ELONGATION / TRANSLATION / PROTEIN SYNT FACTOR / GTPASE / GTP BINDING / GUANOSINE NUCLEOTIDE BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994 タイトル: The crystal structure of elongation factor G complexed with GDP, at 2.7 A resolution. 著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: The Structure of Elongation Factor G in Complex with GDP: Conformational Flexibility and Nucleotide Exchange 著者: al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Liljas, A. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribosomal Translocase: Elongation Factor G from Thermus thermophilus 著者: Aevarsson, A. / Brazhnikov, E. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Chirgadze, Y. / al-Karadaghi, S. / Svensson, L.A. / Liljas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2efg.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2efg.ent.gz | 103.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2efg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2efg_validation.pdf.gz | 796 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2efg_full_validation.pdf.gz | 813.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2efg_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2efg_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/2efg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76963.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P13551, UniProt: Q5SHN5*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7507.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 18% W/V PEG8000, 20MM TRIS-HCL, 20MM AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 1MM SODIUM AZIDE, 1MM GDP, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月29日 / 詳細: DOUBLE FOCUSING MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 29278 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 61.6 Å2 / Rsym value: 0.7 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Rsym value: 0.907 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 1EFG 解像度: 2.6→80 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 7320367.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. REFINEMENT WAS THE MAXIMUM TARGET USING AMPLITUDES; REFINEMENT OF THIS STRUCTURE, LEADING TO ENTRY 1EFG, EMPLO PROGRAM X-PLOR
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.28 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→80 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 80 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 60.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.433 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.382 |