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万見
- PDB-2efd: Ara7/AtVps9a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2efd
タイトルAra7/AtVps9a
要素
  • Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9
  • Small GTP-binding protein-like
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GEF / GTPase / Vps9 / Rab5 / nucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


cell plate assembly / post-embryonic root development / intracellular organelle / cell wall biogenesis / embryo development ending in seed dormancy / vacuole organization / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / small molecule binding / molecular sequestering activity ...cell plate assembly / post-embryonic root development / intracellular organelle / cell wall biogenesis / embryo development ending in seed dormancy / vacuole organization / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / small molecule binding / molecular sequestering activity / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / early endosome membrane / early endosome / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / small GTPase Rab1 family profile. / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 9A / Ras-related protein RABF2b
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Uejima, T. / Ihara, K. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: GDP-bound and nucleotide-free intermediates of the guanine nucleotide exchange in the Rab5/Vps9 system
著者: Uejima, T. / Ihara, K. / Goh, T. / Ito, E. / Sunada, M. / Ueda, T. / Nakano, A. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2007年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9
B: Small GTP-binding protein-like
C: Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9
D: Small GTP-binding protein-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1114
ポリマ－100,1114
非ポリマー00
水00
1
A: Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9
B: Small GTP-binding protein-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0562
ポリマ－50,0562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9
D: Small GTP-binding protein-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0562
ポリマ－50,0562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.544, 189.544, 75.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VPS9 / AtVps9a / Hypothetical protein At3g19770


分子量: 30168.316 Da / 分子数: 2 / 断片: Vps9 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9LT31
#2: タンパク質 Small GTP-binding protein-like / Ara7 / AT4g19640/F24J7_190


分子量: 19887.432 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9SN68

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3% PEG4000, 50mM imidazole malate, 50mM NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.9198
シンクロトロンSSRL BL9-220.97920, 0.91162, 0.97932
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年4月23日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2005年4月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91981
20.97921
30.911621
40.979321
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 29805 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 100.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→38.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.844 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / SU B: 22.755 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.329 / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35126 1494 5 %RANDOM
Rwork0.30576 ---
obs0.30797 28248 95.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20.72 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 0 0 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9558618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6855790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35925.033302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.967151130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9551532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.23236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4281.54060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76526378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74532587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2734.52240
LS精密化 シェル解像度: 3.003→3.081 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 114 -
Rwork0.322 2109 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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