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万見
- PDB-2ef2: Crystal Structure of an Artificial Metalloprotein:Rh(Phebox-Ph)/a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ef2
タイトルCrystal Structure of an Artificial Metalloprotein:Rh(Phebox-Ph)/apo-A71G Myoglobin
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / [2,6-BIS(4-PHENYL)-1,3-OXAZOLIN-2-YL]RHODIUM(III) / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Abe, S. / Satake, Y. / Okazaki, S. / Ueno, T. / Hikage, T. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Nakajima, H. / Watanabe, Y.
引用ジャーナル: ORGANOMETALLICS / 年: 2007
タイトル: Incorporation of a Phebox Rhodium Complex into apo-Myoglobin Affords a Stable Organometallic Protein Showing Unprecedented Arrangement of the Complex in the Cavity
著者: Satake, Y. / Abe, S. / Okazaki, S. / Ban, N. / Hikage, T. / Ueno, T. / Nakajima, H. / Suzuki, A. / Yamane, T. / Nishiyama, H. / Watanabe, Y.
履歴
登録2007年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1075
ポリマ－17,3521
非ポリマー7554
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.046, 57.820, 75.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17352.123 Da / 分子数: 1 / 変異: A71G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
プラスミド: PUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB-1 / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-RHX / [2,6-BIS(4-PHENYL)-1,3-OXAZOLIN-2-YL]RHODIUM(III) / [2,6-BIS(4-PHENYL-4,5-DIHYDRO-1,3-OXAZOL-2-YL-KAPPAN)PHENYL-KAPPAC~1~]RHODIUM(3+)


分子量: 470.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19N2O2Rh
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.35M Sodium, Pottasium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月26日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 13570 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 22.865 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VFJ

1vfj


解像度: 1.8→21.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.709 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26421 685 5.1 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.20313 12868 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→21.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1215 0 44 113 1372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9951743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.435157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15924.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06915238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.139154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.051.5786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65621216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5663564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9644.5524
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 48 -
Rwork0.223 865 -
obs--92.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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