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万見
- PDB-2eeo: Crystal Structure of T.th. HB8 L-Aspartate-alpha-Decarboxylase Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eeo
タイトルCrystal Structure of T.th. HB8 L-Aspartate-alpha-Decarboxylase Complexed with Fumarate
要素(Aspartate 1-decarboxylase) x 2
キーワードLYASE / Pyruvoyl group dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / PYRUVIC ACID / Aspartate 1-decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Goto, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of T.th. HB8 L-Aspartate-alpha-Decarboxylase
著者: Goto, M. / Omi, R. / Nakajima, O. / Miyahara, I. / Hirotsu, K.
履歴
登録2007年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2474
ポリマ－13,0432
非ポリマー2042
水2,198122
1
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,98816
ポリマ－52,1728
非ポリマー8178
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
Buried area25060 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.118, 68.118, 48.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Aspartate 1-decarboxylase / L-Aspartate-alpha-Decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 2817.360 Da / 分子数: 1 / 断片: Aspartate 1-decarboxylase beta chain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKN7, aspartate 1-decarboxylase
#2: タンパク質 Aspartate 1-decarboxylase / L-Aspartate-alpha-Decarboxylase / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 10225.583 Da / 分子数: 1 / 断片: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKN7, aspartate 1-decarboxylase
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細25TH RESIDUE IN CHAIN B, SER WAS MODIFIED WITH PYR. REFER TO MOD_RES OF FEATURES IN DATABASE, PAND_THET8.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Na-,K-tartrate, Hepes-NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.17 Å / Num. all: 14772 / Num. obs: 14405 / % possible obs: 97.3 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 1VC3

1vc3


解像度: 1.6→24.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1257259.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1466 10.2 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 14405 97.4 %-
all-14772 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.63 Å2 / ksol: 0.389282 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---1.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数912 0 13 122 1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it15.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.812.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 236 9.9 %
Rwork0.223 2140 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwat.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4pvl.parampvl.top
X-RAY DIFFRACTION5pvl_patch.parampvl_patch.top
X-RAY DIFFRACTION6fmr.paramfmr.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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