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万見
- PDB-2ec5: Crystal structures reveal a thiol-protease like catalytic triad i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ec5
タイトルCrystal structures reveal a thiol-protease like catalytic triad in the C-terminal region of Pasteurella multocida toxin
要素Dermonecrotic toxin
キーワードTOXIN / Pasteurella multocida toxin / Cys1159Ser mutant / inactivated mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host G protein-coupled receptor signal transduction pathway / symbiont-mediated killing of host cell / phospholipase activity / phospholipid binding / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Pasteurella multocida toxin, C3 domain / Dermonecrotic toxin, barrel-like domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #180 / Secreted effector protein ssei fold / Secreted effector protein ssei. / Rossmann fold - #11550 / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain ...: / : / Pasteurella multocida toxin, C3 domain / Dermonecrotic toxin, barrel-like domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #180 / Secreted effector protein ssei fold / Secreted effector protein ssei. / Rossmann fold - #11550 / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / : / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dermonecrotic toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pasteurella multocida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kitadokoro, K. / Horiguchi, Y. / Kamitani, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structures reveal a thiol protease-like catalytic triad in the C-terminal region of Pasteurella multocida toxin
著者: Kitadokoro, K. / Kamitani, S. / Miyazawa, M. / Hanajima-Ozawa, M. / Fukui, A. / Miyake, M. / Horiguchi, Y.
履歴
登録2007年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dermonecrotic toxin
B: Dermonecrotic toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,5632
ポリマ－168,5632
非ポリマー00
水4,360242
1
A: Dermonecrotic toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2821
ポリマ－84,2821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dermonecrotic toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2821
ポリマ－84,2821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.357, 132.823, 82.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-118-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: タンパク質 Dermonecrotic toxin / DNT / PMT / Mitogenic toxin


分子量: 84281.539 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal region, residues 569-1285 / 変異: C1159S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア)
株: G-7 / 遺伝子: toxA / プラスミド: pPROEX-1, pPROEX-1-C-PMT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17452
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月3日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 59945 / Num. obs: 57847 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EBF

2ebf


解像度: 2.6→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 27.168 / SU ML: 0.288 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.719 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28632 2921 5.1 %RANDOM
Rwork0.23217 ---
obs0.23491 54694 97.01 %-
all-57615 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11286 0 0 242 11528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.96615622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76851420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79924.669544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.812152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2281564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.25965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.27998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4131.57268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.739211442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.78334825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.274.54180
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 196 -
Rwork0.323 3575 -
obs--87.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1666-0.4513-0.29931.6995-0.481.28750.20490.3763-0.0892-0.4855-0.20530.22520.2681-0.23670.0004-0.08260.1481-0.1272-0.1313-0.0383-0.31287.92996.608543.0047
20.9494-0.7264-0.18091.78660.1171.40810.17870.080.3198-0.1636-0.1673-0.5816-0.04090.4501-0.0115-0.20920.07370.1045-0.0210.13920.066460.83530.367321.9334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA575 - 128536 - 746
2X-RAY DIFFRACTION2BB575 - 128536 - 746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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