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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ebt | ||||||
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タイトル | Solution structure of three tandem repeats of zf-C2H2 domains from human Kruppel-like factor 5 | ||||||
![]() | Krueppel-like factor 5 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / C2H2-type zinc-finger / metal bind / transcription factor / kruppel-like factor / GC-box promoter elements / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of transcription by transcription factor localization / satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / cell-cell signaling via exosome / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of microvillus assembly / microvillus assembly / cellular response to peptide / chromatin => GO:0000785 / intestinal epithelial cell development ...positive regulation of transcription by transcription factor localization / satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / cell-cell signaling via exosome / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of microvillus assembly / microvillus assembly / cellular response to peptide / chromatin => GO:0000785 / intestinal epithelial cell development / MRF binding / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of fat cell differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of three tandem repeats of zf-C2H2 domains from human Kruppel-like factor 5 著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 623.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 525.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11650.169 Da / 分子数: 1 / 断片: zf-C2H2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.59mM uniformly 13C/15N-labelled protein, 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 50uM ZnCl2, 1mM IDA, 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 10% D2O, 90% H2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |