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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ebb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase (pterin carbinolamine dehydratase) from Geobacillus kaustophilus HTA426 | ||||||
要素 | Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE / pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase / coenzyme biosyntheses / GK1984 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase (pterin carbinolamine dehydratase) from Geobacillus kaustophilus HTA426 著者: Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ebb.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ebb.ent.gz | 23.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ebb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ebb_validation.pdf.gz | 417 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ebb_full_validation.pdf.gz | 417.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ebb_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ebb_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/2ebb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/2ebb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11984.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 遺伝子: GK1984 / プラスミド: pET-His TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codonplus-RIL-X 参照: UniProt: Q5KYG7, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 4.6 詳細: 30% MPD, 0.1M Actetate, 0.02M CaCl2, pH 4.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 13572 / Num. obs: 13572 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Num. unique all: 1275 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 623847.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.3669 Å2 / ksol: 0.394974 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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