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万見
- PDB-2eba: Crystal structure of the putative glutaryl-CoA dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eba
タイトルCrystal structure of the putative glutaryl-CoA dehydrogenase from thermus thermophilus
要素Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glutaryl-CoA dehydrogenase / thermus thermophilius / FAD / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the putative glutaryl-CoA dehydrogenase from thermus thermophilus
著者: Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
C: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
D: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
E: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
F: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
G: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
H: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
I: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,95816
ポリマ－342,6748
非ポリマー6,2848
水10,809600
1
A: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
C: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
D: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
E: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4798
ポリマ－171,3374
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22760 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area44110 Å2
手法PISA, PQS
2
F: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
G: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
H: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
I: Putative glutaryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4798
ポリマ－171,3374
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22820 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area43830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.239, 86.239, 157.418
Angle α, β, γ (deg.)75.92, 81.25, 64.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative glutaryl-CoA dehydrogenase


分子量: 42834.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0789 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SK63, glutaryl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.6M Mg Formate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 131981 / Num. obs: 131981 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Num. unique all: 11253 / % possible all: 66.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SIR

1sir


解像度: 2.21→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 42790.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 850 0.7 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 125477 72.8 %-
all-131981 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.0323 Å2 / ksol: 0.41722 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å2-2.78 Å2-3.89 Å2
2--2.45 Å21.53 Å2
3---0.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23888 0 424 600 24912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.32.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 105 0.7 %
Rwork0.322 14882 -
obs--51.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5fad-new.paramfad-new.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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