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万見
- PDB-2e9s: human neuronal Rab6B in three intermediate forms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e9s
タイトルhuman neuronal Rab6B in three intermediate forms
要素Ras-related protein Rab-6B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / human neuron / Rab6B / GDP MG NO3 complex / GDP MG complex / GDP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to Golgi membrane / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs ...protein localization to Golgi membrane / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Golgi organization / endomembrane system / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / neuron projection development / presynapse / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NITRATE ION / Ras-related protein Rab-6B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Vellieux, F.M. / Tcherniuk, S. / Garcia-Saez, I. / Kozielski, F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: 3D structure of human neuronal Rab6B in three intermediate forms
著者: Vellieux, F.M. / Tcherniuk, S. / Garcia-Saez, I. / Kozielski, F.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: The structure of human neuronal Rab6B in the active and inactive form
著者: Garcia-Saez, I. / Tcherniuk, S. / Kozielski, F.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6B
B: Ras-related protein Rab-6B
C: Ras-related protein Rab-6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8219
ポリマ－59,3803
非ポリマー1,4406
水6,485360
1
A: Ras-related protein Rab-6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3234
ポリマ－19,7931
非ポリマー5303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2613
ポリマ－19,7931
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ras-related protein Rab-6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2372
ポリマ－19,7931
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.808, 65.185, 108.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6B / Rab6B


分子量: 19793.441 Da / 分子数: 3 / 断片: residues in database 13-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB6B / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NRW1
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2M ammonium nitrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→19.74 Å / Num. obs: 42010 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.78→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 7141 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2FE4

2fe4


解像度: 1.78→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2088564.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2099 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 41978 99.6 %-
all-41978 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.2543 Å2 / ksol: 0.39709 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å20 Å20 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3791 0 90 360 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952.5
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 342 5 %
Rwork0.212 6493 -
obs-6493 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4no3.paramno3.top
X-RAY DIFFRACTION5gdp.paramgdp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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