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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e9d | ||||||
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タイトル | E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-676 | ||||||
要素 | Undecaprenyl pyrophosphate synthetase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / cell wall / prenyltransferase / farnesyl pyrophosphate / bisphosphonate / antibiotic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, R.T. / Cao, R. / Ko, T.P. / Liang, P.H. / Oldfield, E. / Wang, A.H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Bisphosphonates target multiple sites in both cis- and trans-prenyltransferases 著者: Guo, R.T. / Cao, R. / Liang, P.H. / Ko, T.P. / Chang, T.H. / Hudock, M.P. / Jeng, W.Y. / Chen, C.K.M. / Zhang, Y. / Song, Y. / Kuo, C.J. / Yin, F. / Oldfield, E. / Wang, A.H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e9d.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e9d.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2e8tC 2e8uC 2e8vC 2e8wC 2e8xC 2e90C 2e91C 2e92C 2e93C 2e94C 2e95C 2e98C 2e99C 2e9aC 2e9cC 1jp3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28481.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET32/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% Ethylene glycol, 2-5% PEG35K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 17035 / Num. obs: 16798 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.77 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 41.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.18 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1639 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JP3 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å /
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