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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2.0E+82 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human D-amino acid oxidase complexed with imino-DOPA | ||||||
![]() | D-amino-acid oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / STRUCTURALLY AMBIVALENT PEPTIDE / IMINO-DOPA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kawazoe, T. / Tsuge, H. / Imagawa, T. / Kuramitsu, S. / Fukui, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of d-DOPA oxidation by d-amino acid oxidase: Alternative pathway for dopamine biosynthesis. 著者: Kawazoe, T. / Tsuge, H. / Imagawa, T. / Aki, K. / Kuramitsu, S. / Fukui, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 289.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 232.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | There are 2 biological units in the asymmetric unit. The biological unit 1 consists of chain(s) A, B. The biological unit 2 consists of chain(s) C, D. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39520.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-IM3 / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 10% GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 38354 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. unique all: 3546 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DU8 解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.965 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.139 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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