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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e7p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the holo form of glutaredoxin C1 from populus tremula x tremuloides | ||||||
![]() | Glutaredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / THIOREDOXIN FOLD / GLUTAREDOXIN / POPLAR | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutathione disulfide oxidoreductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Unno, H. / Takahashi, T. / Kawakami, T. / Aimoto, S. / Hase, T. / Kusunoki, M. / Rouhier, N. / Jacquot, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional, structural, and spectroscopic characterization of a glutathione-ligated [2Fe-2S] cluster in poplar glutaredoxin C1 著者: Rouhier, N. / Unno, H. / Bandyopadhyay, S. / Masip, L. / Kim, S.K. / Hirasawa, M. / Gualberto, J.M. / Lattard, V. / Kusunoki, M. / Knaff, D.B. / Georgiou, G. / Hase, T. / Johnson, M.K. / Jacquot, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12435.191 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-116 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET-3D / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FES / | #3: 化合物 | ChemComp-GSH / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% PEG6000, 0.1M CITRIC ACID, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.617 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
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