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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e7p
タイトルCrystal structure of the holo form of glutaredoxin C1 from populus tremula x tremuloides
要素Glutaredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / THIOREDOXIN FOLD / GLUTAREDOXIN / POPLAR
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione disulfide oxidoreductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GLUTATHIONE / Glutaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Unno, H. / Takahashi, T. / Kawakami, T. / Aimoto, S. / Hase, T. / Kusunoki, M. / Rouhier, N. / Jacquot, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Functional, structural, and spectroscopic characterization of a glutathione-ligated [2Fe-2S] cluster in poplar glutaredoxin C1
著者: Rouhier, N. / Unno, H. / Bandyopadhyay, S. / Masip, L. / Kim, S.K. / Hirasawa, M. / Gualberto, J.M. / Lattard, V. / Kusunoki, M. / Knaff, D.B. / Georgiou, G. / Hase, T. / Johnson, M.K. / Jacquot, J.P.
履歴
登録2007年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin
B: Glutaredoxin
C: Glutaredoxin
D: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1469
ポリマ－49,7414
非ポリマー1,4055
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
2
A: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9183
ポリマ－12,4351
非ポリマー4832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7432
ポリマ－12,4351
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
C: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7432
ポリマ－12,4351
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
D: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7432
ポリマ－12,4351
非ポリマー3071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.774, 97.774, 91.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
Glutaredoxin


分子量: 12435.191 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
プラスミド: PET-3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5PSJ1
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG6000, 0.1M CITRIC ACID, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
2951
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A21.7399, 1.7415, 1.6000
検出器
タイプID検出器日付
BRUKER DIP-6040B1IMAGE PLATE2004年10月29日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年11月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.73991
31.74151
41.61
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22039 1469 5.1 %RANDOM
Rwork0.18406 ---
obs0.18591 27449 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3262 0 84 293 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9924565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16925.725131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97415590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1871512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.52211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43823418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1431330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5554.51147
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 120 -
Rwork0.209 1992 -
obs--98.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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