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万見
- PDB-2e7f: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e7f
タイトル5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase complexed with methyltetrahydrofolate to 2.2 Angsrom resolution
要素5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltetrahydrofolate-protein complex / corrionoid / vitamin B12 / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


5-methyltetrahydrofolate-corrinoid/iron-sulfur protein Co-methyltransferase / methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein methyltransferase activity / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / carbon fixation / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methyltransferase activity / methylation / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / 5-methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein co-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Doukov, T.I. / Drennan, C.L. / Hemmi, H. / Ragsdale, S.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and kinetic evidence for an extended hydrogen-bonding network in catalysis of methyl group transfer. Role of an active site asparagine residue in activation of methyl ...タイトル: Structural and kinetic evidence for an extended hydrogen-bonding network in catalysis of methyl group transfer. Role of an active site asparagine residue in activation of methyl transfer by methyltransferases.
著者: Doukov, T.I. / Hemmi, H. / Drennan, C.L. / Ragsdale, S.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a methyltetrahydrofolate- and corrinoid-dependent methyltransferase
著者: Doukov, T.I. / Seravalli, J. / Stezowski, J.J. / Ragsdale, S.W.
履歴
登録2007年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
B: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2756
ポリマ－57,2762
非ポリマー9994
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.159, 78.547, 135.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S)

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要素

#1: タンパク質 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase


分子量: 28638.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
遺伝子: MeTr, acsE / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS(met-) / 参照: UniProt: Q46389
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8-15% PEGmme 5000, 0.05M Calcium acetate, 20% Glycerol, 0.05M HEPES buffer; 3-fold molar excess of the MTHF substrate (Schricks Labolatories, Jona, Switzerland). The supersaturation of the ...詳細: 8-15% PEGmme 5000, 0.05M Calcium acetate, 20% Glycerol, 0.05M HEPES buffer; 3-fold molar excess of the MTHF substrate (Schricks Labolatories, Jona, Switzerland). The supersaturation of the precipitant solution required dilution of the protein-CH3-H4folate complex by 50-100-fold in order to obtain single crystals., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.91938 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月30日
放射モノクロメーター: SI(111) or SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30.92 Å / Num. obs: 26806 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1750 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F6Y

1f6y


解像度: 2.2→30.88 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2586 -RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.178 24177 96.04 %-
all-26763 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 68 435 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.018
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 165 -
Rwork0.193 --
obs-1571 85.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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